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Esta subserie reúne artículos periodísticos publicados entre 1976 y 2000, agrupados temáticamente en torno al trabajo de identificación de responsables.

La subserie Carpetas por nombre está ordenada alfabéticamente por apellido de responsable y cuenta con legajos, informes de trabajo, comunicados, correspondencia, documentación sobre escraches, artículos de prensa, cables, listados, declaraciones, denuncias, solicitadas, testimonios, búsqueda de antecedentes, formularios, hábeas corpus, fotografías, memorándums, testimonios y otros documentos jurídicos. Este conjunto documental responde a la tarea llevada adelante para individualizar a los responsables de los crímenes durante el terrorismo de Estado. Cada vez que se establecía la existencia de un centro clandestino de detención, se reconstruía su dependencia jerárquica y se procuraba establecer la cadena de mandos y la jurisdicción a la que pertenecía en cuanto a zonas de seguridad.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.

Esta sección reúne la documentación producida o reunida por el Área de Desarrollo Institucional desde su creación hasta la actualidad. El área fue creada a partir de la reestructuración institucional de 1994 con el objetivo de acompañar a la Dirección Ejecutiva en la búsqueda de fondos, el diseño y monitoreo de proyectos, y las relaciones institucionales con los donantes. Por otra parte, coordina voluntaries y pasantes, y los procesos de comunicación interna con socies y equipo de trabajo. Para más información sobre el programa de Desarrollo Institucional dirigirse al siguiente link: https://www.cels.org.ar/web/organizacion/financiamiento/

Esta sección incluye los documentos producidos por el Área de Litigio del CELS desde su conformación hasta la actualidad. El Área de Litigio fue establecida a partir de la reestructuración institucional de 1994, como continuidad del Área Jurídica. Trabaja de forma transversal en las agendas de trabajo del CELS, en la coordinación de las estrategia jurídicas de las causas judiciales. Desde el año 2008 está coordinada por Diego Morales.
La sección se encuentra dividida en dos subsecciones vinculadas a las funciones del área. La subsección Causas judiciales agrupa la documentación producida en los procesos judiciales que litiga el CELS, tanto a nivel nacional como internacional. La segunda subsección agrupa los documentos producidos o reunidos en el marco de otras acciones de trabajo del Área de Litigio, como la Clínica Jurídica, investigaciones, sistematización de información, elaboración de publicaciones, propuestas de proyectos de ley, reunión de jurisprudencia, entre otras actividades.

Esta serie reúne los libros de Actas que registran las reuniones y asambleas de la institución.

Esta subserie reúne diversos tipos documentales reunidos o producidos por el CEDOC en el marco de la tarea de análisis documental para informar ante el Senado de la Nación, sobre actos de los oficiales propuestos para el ascenso que implicaran participación en violaciones a los derechos humanos, atentados al orden constitucional u actividades ilegales en el presente.
Desde los primeros años de la democracia, el CELS se trazó como objetivo prioritario el desarrollo de una labor que entendiera la necesaria depuración de las fuerzas armadas como base para un proceso de institucionalización democrática, de modo complementario a su rol en los procesos de justicia por delitos de lesa humanidad.
Desde 1984 el CELS cumple con el mandato de sus fundadores investigar e informar sobre actos de los oficiales propuestos para el ascenso que tuvieran participación en violaciones a los derechos humanos, atentados al orden constitucional u actividades ilegales en el presente. Desde 1994 se realiza esta tarea a pedido de la Comisión de Acuerdos del Senado y, en los últimos años, también del Ministerio de Defensa.
Las fuentes de información utilizadas para ello son los documentos producidos por las víctimas del Estado terrorista, sus familiares y los organismos de derechos humanos; el litigio de las causas tramitadas en instancias nacionales e internacionales; material indubitable de los medios de comunicación, libros y otras fuentes públicas.
Los datos brindados por el CELS resultan complementarios a los que puedan producir los organismos estatales a partir de sus propias investigaciones basadas en documentos oficiales, testimonios, descargos de los implicados y confrontación de diversos registros.

Esta sección reúne la documentación producida desde 1994 en la línea de trabajo internacional, en el marco del proyecto Alfa, luego Programa DIDH y luego Equipo de Trabajo Internacional (2010). Se incluye documentación referida a los litigios internacionales y documentos de denuncia e incidencia sobre temas de derecho internacional.
Desde sus orígenes el CELS consideró estratégica la articulación con organizaciones y organismos internacionales de derechos humanos para la denuncia de violaciones a los derechos humanos. Desde los años 90 el CELS ha litigado más de 30 casos y medidas de protección ante la Comisión y Corte Interamericana de Derechos Humanos que han resultado en el desarrollo de estándares en materia de libertad de expresión, detención, derecho a la verdad, territorio de pueblos indígenas, entre muchos otros. Varios de los casos litigados se convirtieron en casos testigo para el sistema interamericano de derechos humanos.
Durante la década de los 90 se impulsó el reconocimiento y la aplicación en el ámbito interno del derecho internacional de los derechos humanos. En consonancia con el abordaje de la aplicación y uso en el ámbito interno de los instrumentos y estándares internacionales, se inició una serie de presentaciones de informes “alternativos” ante las comisiones de la ONU en relación con temas de DESC que se creó como desprendimiento del trabajo del proyecto DIDH. El programa DIDH en sus orígenes estuvo integrado por Alicia Oliveira, Carolina Fernández Blanco, Gustavo Suriz, Pablo Martín Clemente, Víctor Abramovich, Paula Vaca, Christian Courtis, Georges Rogers y Michele Milner.
En 2010 se creó el Equipo de trabajo internacional con el objetivo de participar en redes, alianzas y espacios internacionales, construir una perspectiva estratégica y profundizar el trabajo del CELS a nivel internacional. Los ejes de trabajo son el uso de los mecanismos internacionales para denunciar situaciones en Argentina (informes sombra, contrainformes, litigios en el SIDH), el fortalecimiento de alianzas internacionales, la incidencia sobre agenda temática para lograr mejores estándares, desde una perspectiva del Sur/de América Latina, el fortalecimiento de los mecanismos internacionales.

Esta serie reúne los memorándums de comunicación interna producidos por integrantes y equipos del CELS con el objetivo de informar o difundir información al interior de la institución. Los memos fueron organizados de manera cronológica, de acuerdo al orden original dispuesto. Reúne documentos producidos entre 1979 y 2008. La mayor cantidad de documentos se acumulan hasta 1998, ya que la incorporación de medios electrónicos modificó este tipo de comunicaciones. Incluye originales en papel, copias carbónicas, fotocopias y documentación anexa que en algunos casos se halló adjuntada a los memorándums. La documentación se encuentra digitalizada y es de acceso interno para les integrantes de la institución.

Esta subserie diversos tipos documentales producidos o reunidos por el CEDOC en el marco del trabajo de identificación de responsables, como informes, testimonios, correspondencia, panfletos, solicitadas, comunicados.