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Esta serie reúne los libros de Actas que registran las reuniones y asambleas de la institución.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa DESC creado a partir del proceso de reestructuración institucional de 1994, con el objetivo de promover el cumplimiento de los Derechos Económicos Sociales y Culturales y discutir su exigibilidad judicial en los tribunales locales. Fueron directores/as del Programa Víctor Abramovich, Juana Kweitel, Julieta Rossi, Pilar Arcidiácono, Eduardo Reese y en la actualidad es coordinado por Luna Miguens.
Parte de la documentación en papel fue inventariada someramente, mientras que la documentación electrónica aún no cuenta con tratamiento archivístico.
La documentación de esta sección incluye expedientes judiciales, documentación periodística y legislativa, informes, correspondencia, investigaciones, encuestas y publicaciones. Entre otros casos, se presentó la denuncia ante el Panel de Inspección del Banco Mundial para la protección de programas sociales alimentarios (caso Pro Huerta), los amparos colectivos para la provisión de medicamentos VIH/SIDA, la denuncia ante la CIDH por la protección de derechos previsionales (caso Menéndez y Caride) y el amparo colectivo por derecho a la Salud (caso Viceconte o vacuna contra el mal de los rastrojos).
Esta sección reúne documentación sobre un campo amplio de derechos económicos, sociales y culturales, como el acceso a la información pública, el acceso a la salud, al agua, a la educación, derechos de comunidades indígenas, campesinos y migrantes, derechos de personas con discapacidad. Realiza seguimiento y estudios sobre diferentes políticas y programas sociales, sobre desigualdad y pobreza, entre otros temas. Durante los últimos años el área trabajó temas de hábitat, vivienda, realizó investigaciones sobre comunidades campesinas e indígenas y la ley de emergencia territorial, sobre el derecho a la vivienda digna, el derecho a la salud y las condiciones de alquiler en el ámbito urbano. Se realizaron trabajos sobre agricultura familiar y soberanía alimentaria, sobre políticas fiscales y el impuesto a las grandes fortunas.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta sección reúne la documentación producida por el Área de Comunicación desde su constitución hasta la actualidad. Incluye documentación producida en la elaboración de publicaciones, comunicaciones oficiales del CELS, investigaciones audiovisuales, investigaciones sobre el acceso a la información, entre otros temas. Se halla documentación en papel hasta 2009.
El Área de Comunicación fue creada en 1998, con el objetivo de organizar la comunicación institucional, publicaciones, coordinar la relación con la prensa, desarrollar la página web y apoyar el trabajo de las áreas. Su primer director fue David Blaustein, luego María Capurro Robles, Laura Itchart, Verónica Torras y Ximena Tordini.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades de investigación, denuncia e incidencia sobre temas de género, salud sexual y diversidad. Las investigaciones y producción de material de esta sección son interdisciplinarias, se encuentra material que cruza perspectivas de género, de salud mental y tratamiento jurídico de casos específicos.
El feminismo interseccional es una perspectiva política y una definición de valores que el CELS incorporó de manera decidida en los últimos años. En 2018 Edurne Cárdenas comienzó el trabajo de coordinación de la agenda feminista que se consolidó con la estructuración del área en el año 2020 y la coordinación de Vanina Escales.
El objetivo de esta área es impulsar y elaborar colectivamente las perspectivas políticas que el CELS quiere proponer en el espacio público en el cruce entre feminismo y el trabajo en derechos humanos que lleva adelante la institución. Para eso, el área se ocupa de transversalizar el abordaje interseccional en los temas de agenda de los equipos mediante la formación específica, la colaboración en el desarrollo de la perspectiva feminista para temas específicos y la construcción de una agenda temática en el marco de la institución.
Para articular sus objetivos, el área se propuso como espacio desde el cual: construir posicionamientos institucionales desde el feminismo sobre cuestiones de derechos humanos, profundizar la transversalización del abordaje interseccional que el CELS realizó en los últimos años en su agenda de trabajo, garantizar el derecho al aborto en la Argentina, articular con el área DESC el problema de la tierra y la deuda, elaborar una perspectiva de la violencia de género desde su trama con la violencia institucional, profundizar la problemática de derechos de la población travesti, trans y no binaria, trabajar la elaboración de memorias generizadas, continuar y profundizar el trabajo internacional con alianzas como la CEDAW, la INCLO, la Red de litigantes LGTB de las Américas, DAWN.

Esta sección reúne la documentación producida desde 1994 en la línea de trabajo internacional, en el marco del proyecto Alfa, luego Programa DIDH y luego Equipo de Trabajo Internacional (2010). Se incluye documentación referida a los litigios internacionales y documentos de denuncia e incidencia sobre temas de derecho internacional.
Desde sus orígenes el CELS consideró estratégica la articulación con organizaciones y organismos internacionales de derechos humanos para la denuncia de violaciones a los derechos humanos. Desde los años 90 el CELS ha litigado más de 30 casos y medidas de protección ante la Comisión y Corte Interamericana de Derechos Humanos que han resultado en el desarrollo de estándares en materia de libertad de expresión, detención, derecho a la verdad, territorio de pueblos indígenas, entre muchos otros. Varios de los casos litigados se convirtieron en casos testigo para el sistema interamericano de derechos humanos.
Durante la década de los 90 se impulsó el reconocimiento y la aplicación en el ámbito interno del derecho internacional de los derechos humanos. En consonancia con el abordaje de la aplicación y uso en el ámbito interno de los instrumentos y estándares internacionales, se inició una serie de presentaciones de informes “alternativos” ante las comisiones de la ONU en relación con temas de DESC que se creó como desprendimiento del trabajo del proyecto DIDH. El programa DIDH en sus orígenes estuvo integrado por Alicia Oliveira, Carolina Fernández Blanco, Gustavo Suriz, Pablo Martín Clemente, Víctor Abramovich, Paula Vaca, Christian Courtis, Georges Rogers y Michele Milner.
En 2010 se creó el Equipo de trabajo internacional con el objetivo de participar en redes, alianzas y espacios internacionales, construir una perspectiva estratégica y profundizar el trabajo del CELS a nivel internacional. Los ejes de trabajo son el uso de los mecanismos internacionales para denunciar situaciones en Argentina (informes sombra, contrainformes, litigios en el SIDH), el fortalecimiento de alianzas internacionales, la incidencia sobre agenda temática para lograr mejores estándares, desde una perspectiva del Sur/de América Latina, el fortalecimiento de los mecanismos internacionales.