El Fondo CELS incluye la documentación producida o reunida en el desarrollo de acciones en defensa de los derechos humanos, desde su fundación del CELS hasta la actualidad. Se encuentra organizado en 17 secciones. Las secciones reflejan la estructura orgánica y las series documentales reflejan las funciones que ha adquirido la organización. Se considera documentación histórica los documentos producidos o reunidos entre 1979 y 1994 y documentación corriente desde esa fecha hasta la actualidad. Esta distinción del fondo está asociada a los cambios organizacionales de la institución. La documentación producida se encuentra agrupada de acuerdo a las distintas áreas, funciones y programas.
Durante la dictadura el trabajo de la institución se centró en la posibilidad del litigio como herramienta distintiva del trabajo institucional, por lo que la documentación producida se relaciona a las causas judiciales llevadas adelante por la institución tanto a nivel nacional como internacional. Por otro lado, la construcción de un Archivo documental, conformado a partir de diferentes fuentes (periodísticas, legislativas, bibliográficas) fue fundamental para la identificación de responsables, víctimas y metodologías represivas. La documentación testimonial de familiares y víctimas dio lugar a la producción de informes, análisis, ensayos. Durante este período se produjo también documentación relativa a la asistencia a víctimas.
En democracia, el CELS incorporó la revisión de legajos de la dictadura para cargos públicos, el juzgamiento de las Fuerzas Armadas, la repatriación de exiliados, la publicación de estudios e informes con el fin de visibilizar los crímenes y sus efectos y la construcción de alianzas internacionales. Amplió su agenda a las violaciones de los derechos humanos ocurridas en el presente, a sus causas estructurales y su relación con la desigualdad social. La documentación desde los 80 incluye informes, estudios, registros sobre el Programa de Apoyo Jurídico Popular y el Programa de Violencia Policial. También se halla documentación sobre el estudio y promoción sobre el derecho internacional de los derechos humanos, los juicios por el Derecho a la Verdad, litigios por acceso a la información y a la libertad de expresión, acciones destinadas a fortalecer la democracia y la administración de justicia, la creación de la Clínica Jurídica, la promoción de la exigibilidad de los derechos económicos sociales y culturales en los tribunales, la promoción de reformas legislativas y policiales, entre otros temas. Hoy, las principales áreas de trabajo son: la memoria, la verdad y la justicia por los crímenes cometidos en el marco del terrorismo de Estado; la violencia institucional y las políticas de encarcelamiento como ámbitos de violación de los derechos humanos; la inclusión social y los derechos económicos, sociales y culturales, con énfasis en el acceso a la tierra y a un hábitat digno; las políticas públicas en materia de salud mental; las reformas del sistema de justicia, los derechos de las personas migrantes, los derechos sexuales y reproductivos, y la libertad de expresión.

Esta serie contiene información reunida y producida por el CEDOC, sobre estructuras de responsabilidad, organigramas y trabajos teóricos sobre las Fuerzas Armadas durante el terrorismo de Estado. Incluye diversos tipos de documentos como legislación represiva, mapas y planos, testimonios, documentación jurídica, listados, documentación periodística, correspondencia y listados. se encuentran digitalizada.
De acuerdo a la lógica institucional reseñada anteriormente y respetando el principio de orden original de la documentación se constituyen siete subseries diferenciadas temáticamente pero que están necesariamente articuladas.
En este conjunto se encuentran documentos jurídicos y/o testimoniales que requieren permisos específicos a evaluar en cada caso.

Esta sección reúne documentación producida por los y las integrantes de la CD en el marco de sus funciones. Incluye denuncias judiciales, informes y presentaciones, formularios, memorándums internos, correspondencia con familiares y autoridades nacionales e internacionales. Incluye la documentación relativa a las primeras acciones realizadas por la CD entre 1979 y 1984. Entre ellas se halla la preparación de la visita de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), en septiembre de 1979, la participación en el Coloquio de París en febrero de 1982 y la sistematización de la documentación realizada por la Comisión Técnica para la recopilación de datos en 1983.
La Comisión Directiva (CD) fue establecida desde la fundación del CELS como el órgano de conducción con el objetivo de dirigir y administrar a la asociación. En sus inicios estuvo conformada por las y los fundadores de la institución: Emilio Fermín Mignone, Angélica Paula Sosa de Mignone, Augusto Conte Mac Donell, Boris Pasik, Carmen Aguiar de Lapacó, Alfredo F. Galletti, José Federico Trinidad Westerkamp, Noemí Fiorito de Labrune.
La CD ha sido integrada por más de 40 años por familiares, activistas, destacados referentes de derechos humanos, sindicales, sociales y culturales, y académicos: Matilde Saidler de Mellibovsky, Santiago Mellibovsky, Graciela Colombo, Agustín Colombo, Ángela Westerkamp, Fanny Bendersky, Alicia Oliveira, Marcelo Parrilli, Luis Zamora, Alberto Binder, Susana Albanese, Enrique Oteiza, María Teresa Flores, Alejandro Incháurregui, Patricia Valdez, Alicia Logiudice, Alejandro Incháurregui, Cristian Courtis, Leonardo Franco, Lilia Ferreyra, Rodolfo Mattarollo, Luis Fondebrider, Darío Olmo, Gilou García Reynoso, Carlos Acuña, Eduardo Basualdo.
Para conocer la integración actual de la Comisión Directiva ver: https://www.cels.org.ar/web/organizacion/comision-directiva/

Esta serie reúne los libros de Actas que registran las reuniones y asambleas de la institución.

La sección Área Jurídica incluye las causas judiciales litigadas o reunidas por el Área Jurídica del CELS, entre 1979 y 1994. Se trata de documentación original y copias de causas y presentaciones judiciales realizadas por el equipo de abogades del CELS o en conjunto con otros equipos jurídicos o abogades particulares.
Se encuentran también copias de causas llevadas adelante por terceras personas que han sido utilizadas como jurisprudencia o como parte de acciones institucionales de otra índole (por ejemplo, para procesos de impugnación de cierta política pública).
Esta documentación se diferencia del expediente judicial, cuyo original está depositado en el Poder Judicial, por contener copias incompletas del total de los cuerpos y por incluir además otros tipos de documentos como notas de les abogades, comunicados de prensa, fotografías, memorándums y otros documentos reunidos por les abogades en el proceso de trabajo de un caso judicial. Durante la dictadura, las acciones judiciales se dirigieron a detener las graves violaciones a los derechos humanos como la desaparición forzada de personas, los homicidios, la apropiación de niños, la detención en cárceles. Desde la asunción del gobierno democrático en 1983, la actividad prioritaria del CELS siguió centrada en la búsqueda de verdad y justicia.
La serie Procesos judiciales dictadura incluye la documentación producida y reunida por el Área Jurídica durante este período. Incluye querellas por privación ilegítima de la libertad, presentaciones de hábeas corpus individuales y colectivos, causas por tenencia de personas menores de edad, consejos especiales de guerra, asociación ilícita, homicidios, entre otras.
La serie Procesos judiciales democracia, incluye 729 causas relativas a la actuación del Área Jurídica desde 1985, cuando comenzó a producir documentación referida a hechos ocurridos en democracia, principalmente violaciones de derechos humanos por parte de las instituciones y fuerzas de seguridad y penitenciarias.
La serie Programa de Apoyo jurídico popular, agrupa la documentación producida en el trabajo de asistencia legal realizada por el CELS en villas, en el marco del Programa de Apoyo Jurídico Popular, entre los años 1989 y 1993: usurpaciones, desalojos, ocupación de viviendas y terrenos y violencia policial, entre otros.
La serie Documentos de trabajo agrupa la documentación institucional, como información sobre proyectos y rendiciones, informes de trabajo, listados, etc.

Historia institucional
El Área Jurídica, establecida en los inicios del CELS, cambió su nombre a lo largo de su trayectoria institucional. En 1988 pasó de llamarse Departamento Jurídico a Programa Jurídico y en 1990 pasó a ser Área Jurídica. Fue dirigida desde 1985 hasta 1987 por Marcelo Parrilli y desde entonces fue coordinada por Alicia Oliveira hasta 1994. El área se enfocó en el patrocinio legal de causas judiciales, investigaciones, litigio de causas testigo, tareas de extensión y en 1990 desarrolló tareas de apoyo jurídico popular.
El litigio ha sido uno de los modos estructurantes del trabajo del CELS durante la dictadura y en democracia. Fue una de las formas de develar y exponer patrones de conducta, prácticas y estructuras del Estado, así como para la ampliación de derechos por la vía judicial.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa DESC creado a partir del proceso de reestructuración institucional de 1994, con el objetivo de promover el cumplimiento de los Derechos Económicos Sociales y Culturales y discutir su exigibilidad judicial en los tribunales locales. Fueron directores/as del Programa Víctor Abramovich, Juana Kweitel, Julieta Rossi, Pilar Arcidiácono, Eduardo Reese y en la actualidad es coordinado por Luna Miguens.
Parte de la documentación en papel fue inventariada someramente, mientras que la documentación electrónica aún no cuenta con tratamiento archivístico.
La documentación de esta sección incluye expedientes judiciales, documentación periodística y legislativa, informes, correspondencia, investigaciones, encuestas y publicaciones. Entre otros casos, se presentó la denuncia ante el Panel de Inspección del Banco Mundial para la protección de programas sociales alimentarios (caso Pro Huerta), los amparos colectivos para la provisión de medicamentos VIH/SIDA, la denuncia ante la CIDH por la protección de derechos previsionales (caso Menéndez y Caride) y el amparo colectivo por derecho a la Salud (caso Viceconte o vacuna contra el mal de los rastrojos).
Esta sección reúne documentación sobre un campo amplio de derechos económicos, sociales y culturales, como el acceso a la información pública, el acceso a la salud, al agua, a la educación, derechos de comunidades indígenas, campesinos y migrantes, derechos de personas con discapacidad. Realiza seguimiento y estudios sobre diferentes políticas y programas sociales, sobre desigualdad y pobreza, entre otros temas. Durante los últimos años el área trabajó temas de hábitat, vivienda, realizó investigaciones sobre comunidades campesinas e indígenas y la ley de emergencia territorial, sobre el derecho a la vivienda digna, el derecho a la salud y las condiciones de alquiler en el ámbito urbano. Se realizaron trabajos sobre agricultura familiar y soberanía alimentaria, sobre políticas fiscales y el impuesto a las grandes fortunas.