Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa DESC creado a partir del proceso de reestructuración institucional de 1994, con el objetivo de promover el cumplimiento de los Derechos Económicos Sociales y Culturales y discutir su exigibilidad judicial en los tribunales locales. Fueron directores/as del Programa Víctor Abramovich, Juana Kweitel, Julieta Rossi, Pilar Arcidiácono, Eduardo Reese y en la actualidad es coordinado por Luna Miguens.
Parte de la documentación en papel fue inventariada someramente, mientras que la documentación electrónica aún no cuenta con tratamiento archivístico.
La documentación de esta sección incluye expedientes judiciales, documentación periodística y legislativa, informes, correspondencia, investigaciones, encuestas y publicaciones. Entre otros casos, se presentó la denuncia ante el Panel de Inspección del Banco Mundial para la protección de programas sociales alimentarios (caso Pro Huerta), los amparos colectivos para la provisión de medicamentos VIH/SIDA, la denuncia ante la CIDH por la protección de derechos previsionales (caso Menéndez y Caride) y el amparo colectivo por derecho a la Salud (caso Viceconte o vacuna contra el mal de los rastrojos).
Esta sección reúne documentación sobre un campo amplio de derechos económicos, sociales y culturales, como el acceso a la información pública, el acceso a la salud, al agua, a la educación, derechos de comunidades indígenas, campesinos y migrantes, derechos de personas con discapacidad. Realiza seguimiento y estudios sobre diferentes políticas y programas sociales, sobre desigualdad y pobreza, entre otros temas. Durante los últimos años el área trabajó temas de hábitat, vivienda, realizó investigaciones sobre comunidades campesinas e indígenas y la ley de emergencia territorial, sobre el derecho a la vivienda digna, el derecho a la salud y las condiciones de alquiler en el ámbito urbano. Se realizaron trabajos sobre agricultura familiar y soberanía alimentaria, sobre políticas fiscales y el impuesto a las grandes fortunas.