Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta serie reúne los memorándums de comunicación interna producidos por integrantes y equipos del CELS con el objetivo de informar o difundir información al interior de la institución. Los memos fueron organizados de manera cronológica, de acuerdo al orden original dispuesto. Reúne documentos producidos entre 1979 y 2008. La mayor cantidad de documentos se acumulan hasta 1998, ya que la incorporación de medios electrónicos modificó este tipo de comunicaciones. Incluye originales en papel, copias carbónicas, fotocopias y documentación anexa que en algunos casos se halló adjuntada a los memorándums. La documentación se encuentra digitalizada y es de acceso interno para les integrantes de la institución.

Esta subserie reúne listados de responsables del terrorismo de Estado reunidos o producidos por el CEDOC entre 1976 a 1983. Contiene mayormente listados pero también incluye publicaciones, notas, borradores, cuadros, escritos, correspondencia, legajos de personal, fojas de servicio, información recopilada sobre miembros de las fuerzas armadas y policiales, funcionarios del poder judicial, políticos y religiosos que cumplieron funciones o tuvieron participación en violaciones a los derechos humanos durante la última dictadura militar. Incluye investigaciones propias, material periodístico, legislación secreta o material de inteligencia que proviene de procesos jurídicos, denuncias individuales y de organizaciones, así como documentos desclasificados por distintos organismos gubernamentales.
Se encuentra limitado al acceso a la consulta pública. La restricción a este conjunto responde a su potencial uso en causas judiciales.

La documentación de esta sección se encuentra en papel y en formato electrónico y es fue producida por el área de Justicia Democrática en el marco de sus actividades y funciones previstas en la organización que se enmarcan en diversos aspectos ligados al acceso y democratización de la justicia. La presente sección cuenta con 65 cajas con documentos y 28 biblioratos. Conservando la misma línea de trabajo, el Área de Justicia Democrática cuenta con la Clínica Jurídica creada en conjunto con la Universidad de Buenos Aires (UBA) en 1994 con el objetivo de formar abogados junto a la promoción de derechos. El litigio funciona como herramienta de promoción de derechos y de políticas públicas como se puede observar en los casos emblemáticos de Verbitsky, el caso Simón, y otros casos tramitados ante la CIDH.

Esta serie reúne documentación sobre investigaciones y publicaciones realizadas por el CELS en torno a temas de violencia institucional entre 1985 y 2005. Se incluye documentación sobre estadísticas y encuestas de opinión sobre seguridad (1988-2005), nulidades por procedimientos policiales (1993-1997), edictos policiales, código contravencional, código de convivencia urbana (1995-1999), seguridad interior (1996-1997), Programa de seguridad ciudadana del Gobierno de la Ciudad de Bs. As., Consejos Barriales de Prevención del Delito y la Violencia (1996-2001), Policía judicial (1996-1997), Presentación “Aportes para la convención constituyente. Consideraciones en materia de seguridad urbana y justicia contravencional” (CELS 1996).

La serie se compone de 182 unidades documentales compuestas.

Esta serie reúne los informes de trabajo asociados a financiamiento o relacionados con cuestiones administrativas de la institución. La serie se compone de 73 unidades documentales compuestas.

Esta subserie reúne documentos fotográficos reunidos por el CEDOC en la tarea de identificación de responsables del terrorismo de Estado. Las fotografías están organizadas por los nombres de las personas a quienes hacen referencia o por la fuerza armada a la que pertenecen.

Esta serie reúne la documentación final sobre estatuto, escritura y personería jurídica del CELS.
La serie se compone de 15 unidades documentales compuestas.

Esta serie contiene documentación desclasificada reunida por CEDOC. La documentación proviene de diferentes acervos documentales producidos a partir de pedidos de información promovidos por el CELS y otros organismos de derechos humanos o hallazgos producidos en distintos países de la región. Incluye documentos desclasificados de Estado de Estados Unidos (2002, 2016 y 2019), copias de documentos desclasificados del Archivo del Terror hallado en Paraguay, documentación del proceso de descalcificación de documentos producido por la Comisión de Memoria Histórica del Ministerio de Relaciones Exteriores de la Nación (2011-2016). Se encuentra parcialmente digitalizada.

Esta serie reúne distintos tipos de documentación producida en el marco de la agenda de trabajo sobre violencia policial e institucional, sobre diferentes temas.

La serie se compone de 151 unidades documentales compuestas.