Esta sección incluye los documentos producidos por el Área de Litigio del CELS desde su conformación hasta la actualidad. El Área de Litigio fue establecida a partir de la reestructuración institucional de 1994, como continuidad del Área Jurídica. Trabaja de forma transversal en las agendas de trabajo del CELS, en la coordinación de las estrategia jurídicas de las causas judiciales. Desde el año 2008 está coordinada por Diego Morales.
La sección se encuentra dividida en dos subsecciones vinculadas a las funciones del área. La subsección Causas judiciales agrupa la documentación producida en los procesos judiciales que litiga el CELS, tanto a nivel nacional como internacional. La segunda subsección agrupa los documentos producidos o reunidos en el marco de otras acciones de trabajo del Área de Litigio, como la Clínica Jurídica, investigaciones, sistematización de información, elaboración de publicaciones, propuestas de proyectos de ley, reunión de jurisprudencia, entre otras actividades.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.

Esta sección reúne la documentación producida por el Área de Comunicación desde su constitución hasta la actualidad. Incluye documentación producida en la elaboración de publicaciones, comunicaciones oficiales del CELS, investigaciones audiovisuales, investigaciones sobre el acceso a la información, entre otros temas. Se halla documentación en papel hasta 2009.
El Área de Comunicación fue creada en 1998, con el objetivo de organizar la comunicación institucional, publicaciones, coordinar la relación con la prensa, desarrollar la página web y apoyar el trabajo de las áreas. Su primer director fue David Blaustein, luego María Capurro Robles, Laura Itchart, Verónica Torras y Ximena Tordini.

Esta subserie reúne artículos periodísticos publicados entre 1976 y 2000, agrupados temáticamente en torno al trabajo de identificación de responsables.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades de investigación, denuncia e incidencia sobre temas de género, salud sexual y diversidad. Las investigaciones y producción de material de esta sección son interdisciplinarias, se encuentra material que cruza perspectivas de género, de salud mental y tratamiento jurídico de casos específicos.
El feminismo interseccional es una perspectiva política y una definición de valores que el CELS incorporó de manera decidida en los últimos años. En 2018 Edurne Cárdenas comienzó el trabajo de coordinación de la agenda feminista que se consolidó con la estructuración del área en el año 2020 y la coordinación de Vanina Escales.
El objetivo de esta área es impulsar y elaborar colectivamente las perspectivas políticas que el CELS quiere proponer en el espacio público en el cruce entre feminismo y el trabajo en derechos humanos que lleva adelante la institución. Para eso, el área se ocupa de transversalizar el abordaje interseccional en los temas de agenda de los equipos mediante la formación específica, la colaboración en el desarrollo de la perspectiva feminista para temas específicos y la construcción de una agenda temática en el marco de la institución.
Para articular sus objetivos, el área se propuso como espacio desde el cual: construir posicionamientos institucionales desde el feminismo sobre cuestiones de derechos humanos, profundizar la transversalización del abordaje interseccional que el CELS realizó en los últimos años en su agenda de trabajo, garantizar el derecho al aborto en la Argentina, articular con el área DESC el problema de la tierra y la deuda, elaborar una perspectiva de la violencia de género desde su trama con la violencia institucional, profundizar la problemática de derechos de la población travesti, trans y no binaria, trabajar la elaboración de memorias generizadas, continuar y profundizar el trabajo internacional con alianzas como la CEDAW, la INCLO, la Red de litigantes LGTB de las Américas, DAWN.

Esta serie reúne los libros de Actas que registran las reuniones y asambleas de la institución.

Esta serie resulta de la reunión de agrupaciones documentales creadas en el proceso de ordenamiento documental, con un criterio funcional, con el objetivo de reunir la documentación producida en acciones políticas y jurídicas realizadas por el CELS en sus primeros años de funcionamiento. Incluye diferentes tipos de documentos como testimonios, correspondencia, informes, escritos, memorándums, artículos de prensa, organizados en 14 cajas. Se encuentra parcialmente digitalizada.
Está organizada en 4 subseries que recogen la documentación de cada una de las siguientes acciones:
-Documentación producida o reunida para la visita de la Comisión Internacional de Derechos Humanos (CIDH) a la Argentina, en septiembre de 1979.
-Documentación reunida sobre la presentación de la ponencia "Caso argentino: la desapariciones forzadas como instrumento básico y generalizado de una política. El paralelismo global" elaborada por Emilio Mignone y Augusto Conte y presentada el 31 de enero de 1981, en el Coloquio de París “La política de desapariciones forzadas de personas”, organizado por franceses y argentinos y presidido por el Premio Nobel de la Paz Adolfo Pérez Esquivel.
-Documentación producida por la Comisión Técnica de Recopilación de Datos, conformada por el CELS y otros organismos de derechos humanos, en 1983.
-Documentación producida y reunida para la Comisión Nacional sobre la Desaparición de personas (CONADEP), entre 1984 y 1986.

Este conjunto está organizado de manera temática. Hay 3 grupos de materiales. Las cajas 2 a 6 tienen documentos de "Violencia Institucional". La caja 7 se compone de materiales producidos por las diferentes áreas del CELS entre 2005 y 2006. La caja 8 contiene materiales variados como presentación de libros, entrevistas y asambleas institucionales grabadas entre 2002 y 2011.

El Fondo CELS incluye la documentación producida o reunida en el desarrollo de acciones en defensa de los derechos humanos, desde su fundación del CELS hasta la actualidad.
Se encuentra organizado en 17 secciones. Las secciones reflejan la estructura orgánica y las series documentales reflejan las funciones que ha adquirido la organización. Se considera documentación histórica los documentos producidos o reunidos entre 1979 y 1994 y documentación corriente desde esa fecha hasta la actualidad. Esta distinción del fondo está asociada a los cambios organizacionales de la institución. La documentación producida se encuentra agrupada de acuerdo a las distintas áreas, funciones y programas.
Durante la dictadura el trabajo de la institución se centró en la posibilidad del litigio como herramienta distintiva del trabajo institucional, por lo que la documentación producida se relaciona a las causas judiciales llevadas adelante por la institución tanto a nivel nacional como internacional. Por otro lado, la construcción de un Archivo documental, conformado a partir de diferentes fuentes (periodísticas, legislativas, bibliográficas) fue fundamental para la identificación de responsables, víctimas y metodologías represivas. La documentación testimonial de familiares y víctimas dio lugar a la producción de informes, análisis, ensayos. Durante este período se produjo también documentación relativa a la asistencia a víctimas. 
En democracia, el CELS incorporó la revisión de legados de la dictadura para cargos públicos, el juzgamiento de las Fuerzas Armadas, la repatriación de exiliados, la publicación de estudios e informes con el fin de visibilizar los crímenes y sus efectos y la construcción de alianzas internacionales. Amplió su agenda a las violaciones de los derechos humanos ocurridas en el presente, a sus causas estructurales y su relación con la desigualdad social. La documentación desde los 80 incluye informes, estudios, registros sobre el Programa de Apoyo Jurídico Popular y el Programa de Violencia policial. También se halla documentación sobre el estudio y promoción sobre el derecho internacional de los derechos humanos, los juicios por el Derecho a la Verdad, litigios por acceso a la información y a la libertad de expresión, acciones destinadas a fortalecer la democracia y la administración de justicia, la creación de la Clínica Jurídica, la promoción de la exigibilidad de los derechos económicos sociales y culturales en los tribunales, la promoción de reformas legislativas y policiales, entre otros temas. Hoy las principales áreas de trabajo son: la memoria, la verdad y la justicia por los crímenes cometidos en el marco del terrorismo de Estado; la violencia institucional y las políticas de encarcelamiento como ámbitos de violación de los derechos humanos; la inclusión social y los derechos económicos, sociales y culturales, con énfasis en el acceso a la tierra y a un hábitat digno; las políticas públicas en materia de salud mental; las reformas del sistema de justicia, los derechos de las personas migrantes, los derechos sexuales y reproductivos, y la libertad de expresión.

Esta subsección reúne agrupaciones documentales sobre la acción de recepción y sistematización de testimonios que realizó el CELS. Hay grupos documentales de testimonios, información sobre detenides-desaparecides, material sobre la situación de les preses polítiques y material reunido alrededor de consultas que realizaban familiares sobre la situación de desaparición de sus seres queridos o personas de su cercanía.
Durante la dictadura el CELS llevó adelante tres acciones fundamentales: el litigio de casos individuales en los tribunales locales, la generación de alianzas con organizaciones internacionales de derechos humanos y la documentación de los crímenes ocurridos durante el terrorismo de estado.
La recepción de testimonios fue muy importante en este marco, en el CELS se recibían testimonios y documentación personal de los familiares de las víctimas a quienes patrocinaron los abogados de la institución en procura de conocer el paradero de los desaparecidos. El equipo jurídico inició acciones judiciales para impactar a los jueces y obligarlos a buscar a los secuestrados, en su gran mayoría desaparecidos desde cuarteles militares, policiales y de seguridad. También los sobrevivientes de centros clandestinos de detención acercaron sus propios testimonios, con la esperanza de ampliar la información sobre las formas de represión ilegal, pero además con la intención de identificar represores y llevarlos ante la justicia. El CELS de entonces contaba con una estructura muy simple: una comisión directiva, un equipo jurídico, un centro de documentación y, desde fines de la dictadura, el apoyo de un grupo de psicólogos (que se formaliza como Equipo de Salud Mental en 1984).
Desde su fundación en 1979 el CELS constituyó entre sus objetivos institucionales la creación de un Archivo propio que contribuyera a la documentación y análisis de las violaciones a los derechos humanos durante el terrorismo de Estado. Desde el Centro Documental (CEDOC 1979-2007), coordinado por Alicia Martín en sus comienzos, se realizó una intensa actividad de búsqueda, recolección y sistematización de información. La investigación apuntaba a denunciar los crímenes y demostrar que eran sistemáticos, masivos y planificados. La diversidad del material refleja el trabajo de reconstrucción de la trama represiva que existía en ese momento y que recorría desde la institución más capilar, el Centro Clandestino de Detención (CCD), hasta las estructuras e ideologías que fundamentaban el proceder de las fuerzas represivas.
A partir de 1983, la acción fundamental del CELS en el campo de la documentación se orientó a elaborar pruebas para sustentar las acciones judiciales, en torno al Juicio a las Juntas y otras causas iniciadas. Se profundizó, entonces, la tarea de sistematización de los datos elaborados durante la dictadura. El resultado de este trabajo se reflejó en diferentes acciones. Entre ellas, el sostén de las acciones de la Comisión Técnica de Recopilación de Datos y luego la Comisión Nacional de Desaparición Forzada de Personas (CONADEP); y la publicación, en 1986, del libro “692 responsables”.
En 1984, en el marco del 5° Congreso FEDEFAM, el CELS expuso la práctica laboral del CEDOC. En ese momento estaba constituido por 6 miembros. Se definió como un centro de documentación al servicio del pueblo cuyo objetivo principal fue informar con rapidez, eficiencia, precisión y confiabilidad. La tarea archivística se comprendió, desde entonces, como perspectiva desde la cual dar lugar a voces que no sean sólo las oficiales. La idea era evitar la omisión de la historia del movimiento popular. Para ello, el CEDOC recibía información significativa y datos precisos de referencia para grupos de acción y difusión de la causa popular. De este modo, el archivo se construyó como herramienta dinámica de consulta para generar acciones.
Una especificidad de este trabajo fue la idea de convertir lo solitario en solidario. Este movimiento era facilitado por la acción de reconstrucción a partir de la reunión de información que llegaba como caso aislado. De este modo, cada padecimiento aparentemente individual iba encontrando su lugar entre otros casos que devolvieron la trama a lo sucedido.
La Coordinación y actividades del CEDOC se desarrollaron por diferentes trabajadores a lo largo del tiempo: Alicia Martín, Cristina Caitai, Daniel Frontalini, Daniel Toribio, corina Norro, Fanny Bendersky, Esther Moreno, Marcel Bertolesi.