Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta serie agrupa la documentación reunida sobre otras organizaciones de derechos humanos, sociales, políticas, sindicales. También incluye documentación de otras organizaciones de las que el CELS forma o formó parte. Refiere a las alianzas producidas por el CELS en el marco de sus actividades y a la construcción de redes de solidaridad internacional. Incluye informes, memorándums, correspondencia institucional, boletines, comunicados, producidos por el CELS o las organizaciones. Si bien las fechas identificadas se extienden entre 1979 y 2005, el mayor volumen de documentación se concentra en las décadas 80 y 90.
La documentación se encuentra en papel, organizada por nombre de la institución productora. Las carpetas originales fueron reemplazadas por folios y la documentación fue organizada en 54 cajas de cartón. Se ha elaborado un inventario somero para la consulta, en donde se describen 2191 documentos.

La subserie Carpetas por nombre está ordenada alfabéticamente por apellido de responsable y cuenta con legajos, informes de trabajo, comunicados, correspondencia, documentación sobre escraches, artículos de prensa, cables, listados, declaraciones, denuncias, solicitadas, testimonios, búsqueda de antecedentes, formularios, hábeas corpus, fotografías, memorándums, testimonios y otros documentos jurídicos. Este conjunto documental responde a la tarea llevada adelante para individualizar a los responsables de los crímenes durante el terrorismo de Estado. Cada vez que se establecía la existencia de un centro clandestino de detención, se reconstruía su dependencia jerárquica y se procuraba establecer la cadena de mandos y la jurisdicción a la que pertenecía en cuanto a zonas de seguridad.