Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta serie contiene documentación desclasificada reunida por CEDOC. La documentación proviene de diferentes acervos documentales producidos a partir de pedidos de información promovidos por el CELS y otros organismos de derechos humanos o hallazgos producidos en distintos países de la región. Incluye documentos desclasificados de Estado de Estados Unidos (2002, 2016 y 2019), copias de documentos desclasificados del Archivo del Terror hallado en Paraguay, documentación del proceso de descalcificación de documentos producido por la Comisión de Memoria Histórica del Ministerio de Relaciones Exteriores de la Nación (2011-2016). Se encuentra parcialmente digitalizada.