Esta sección incluye los documentos producidos por el Área de Litigio del CELS desde su conformación hasta la actualidad. El Área de Litigio fue establecida a partir de la reestructuración institucional de 1994, como continuidad del Área Jurídica. Trabaja de forma transversal en las agendas de trabajo del CELS, en la coordinación de las estrategia jurídicas de las causas judiciales. Desde el año 2008 está coordinada por Diego Morales.
La sección se encuentra dividida en dos subsecciones vinculadas a las funciones del área. La subsección Causas judiciales agrupa la documentación producida en los procesos judiciales que litiga el CELS, tanto a nivel nacional como internacional. La segunda subsección agrupa los documentos producidos o reunidos en el marco de otras acciones de trabajo del Área de Litigio, como la Clínica Jurídica, investigaciones, sistematización de información, elaboración de publicaciones, propuestas de proyectos de ley, reunión de jurisprudencia, entre otras actividades.

La subserie Carpetas por nombre está ordenada alfabéticamente por apellido de responsable y cuenta con legajos, informes de trabajo, comunicados, correspondencia, documentación sobre escraches, artículos de prensa, cables, listados, declaraciones, denuncias, solicitadas, testimonios, búsqueda de antecedentes, formularios, hábeas corpus, fotografías, memorándums, testimonios y otros documentos jurídicos. Este conjunto documental responde a la tarea llevada adelante para individualizar a los responsables de los crímenes durante el terrorismo de Estado. Cada vez que se establecía la existencia de un centro clandestino de detención, se reconstruía su dependencia jerárquica y se procuraba establecer la cadena de mandos y la jurisdicción a la que pertenecía en cuanto a zonas de seguridad.

Esta serie reúne la documentación producida o reunida por el CEDOC en torno a la identificación de prácticas represivas y cadenas de responsabilidad de las fuerzas armadas y de seguridad, durante el terrorismo de Estado. Incluye diversos tipos documentales y se encuentra parcialmente digitalizada.
La documentación fue reunida en distintas etapas de acuerdo a las necesidades jurídicas, de denuncia pública o de presentación ante instancias oficiales. La sistematización de esta documentación permitió la elaboración y publicación de listados de responsables en distintos momentos históricos, entre los cuales se encuentra “896 Responsables. Los que reprimieron", publicado en 1984 en el diario La Voz. También permitió sistematizar legislación y directivas de las Juntas Militares que se fueron conociendo a través de discursos oficiales o por su inclusión en causas judiciales. Por otra parte, se recopiló la información surgida de la prensa y en particular de los testimonios de sobrevivientes y familiares de las víctimas que pudieron reconocer nombres, alias o características físicas para identificar a responsables del terrorismo de Estado.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta serie contiene información reunida y producida por el CEDOC, sobre estructuras de responsabilidad, organigramas y trabajos teóricos sobre las Fuerzas Armadas durante el terrorismo de Estado. Incluye diversos tipos de documentos como legislación represiva, mapas y planos, testimonios, documentación jurídica, listados, documentación periodística, correspondencia y listados. se encuentran digitalizada.
De acuerdo a la lógica institucional reseñada anteriormente y respetando el principio de orden original de la documentación se constituyen siete subseries diferenciadas temáticamente pero que están necesariamente articuladas.
En este conjunto se encuentran documentos jurídicos y/o testimoniales que requieren permisos específicos a evaluar en cada caso.