El Fondo CELS incluye la documentación producida o reunida en el desarrollo de acciones en defensa de los derechos humanos, desde su fundación del CELS hasta la actualidad. Se encuentra organizado en 17 secciones. Las secciones reflejan la estructura orgánica y las series documentales reflejan las funciones que ha adquirido la organización. Se considera documentación histórica los documentos producidos o reunidos entre 1979 y 1994 y documentación corriente desde esa fecha hasta la actualidad. Esta distinción del fondo está asociada a los cambios organizacionales de la institución. La documentación producida se encuentra agrupada de acuerdo a las distintas áreas, funciones y programas.
Durante la dictadura el trabajo de la institución se centró en la posibilidad del litigio como herramienta distintiva del trabajo institucional, por lo que la documentación producida se relaciona a las causas judiciales llevadas adelante por la institución tanto a nivel nacional como internacional. Por otro lado, la construcción de un Archivo documental, conformado a partir de diferentes fuentes (periodísticas, legislativas, bibliográficas) fue fundamental para la identificación de responsables, víctimas y metodologías represivas. La documentación testimonial de familiares y víctimas dio lugar a la producción de informes, análisis, ensayos. Durante este período se produjo también documentación relativa a la asistencia a víctimas.
En democracia, el CELS incorporó la revisión de legajos de la dictadura para cargos públicos, el juzgamiento de las Fuerzas Armadas, la repatriación de exiliados, la publicación de estudios e informes con el fin de visibilizar los crímenes y sus efectos y la construcción de alianzas internacionales. Amplió su agenda a las violaciones de los derechos humanos ocurridas en el presente, a sus causas estructurales y su relación con la desigualdad social. La documentación desde los 80 incluye informes, estudios, registros sobre el Programa de Apoyo Jurídico Popular y el Programa de Violencia Policial. También se halla documentación sobre el estudio y promoción sobre el derecho internacional de los derechos humanos, los juicios por el Derecho a la Verdad, litigios por acceso a la información y a la libertad de expresión, acciones destinadas a fortalecer la democracia y la administración de justicia, la creación de la Clínica Jurídica, la promoción de la exigibilidad de los derechos económicos sociales y culturales en los tribunales, la promoción de reformas legislativas y policiales, entre otros temas. Hoy, las principales áreas de trabajo son: la memoria, la verdad y la justicia por los crímenes cometidos en el marco del terrorismo de Estado; la violencia institucional y las políticas de encarcelamiento como ámbitos de violación de los derechos humanos; la inclusión social y los derechos económicos, sociales y culturales, con énfasis en el acceso a la tierra y a un hábitat digno; las políticas públicas en materia de salud mental; las reformas del sistema de justicia, los derechos de las personas migrantes, los derechos sexuales y reproductivos, y la libertad de expresión.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa DESC creado a partir del proceso de reestructuración institucional de 1994, con el objetivo de promover el cumplimiento de los Derechos Económicos Sociales y Culturales y discutir su exigibilidad judicial en los tribunales locales. Fueron directores/as del Programa Víctor Abramovich, Juana Kweitel, Julieta Rossi, Pilar Arcidiácono, Eduardo Reese y en la actualidad es coordinado por Luna Miguens.
Parte de la documentación en papel fue inventariada someramente, mientras que la documentación electrónica aún no cuenta con tratamiento archivístico.
La documentación de esta sección incluye expedientes judiciales, documentación periodística y legislativa, informes, correspondencia, investigaciones, encuestas y publicaciones. Entre otros casos, se presentó la denuncia ante el Panel de Inspección del Banco Mundial para la protección de programas sociales alimentarios (caso Pro Huerta), los amparos colectivos para la provisión de medicamentos VIH/SIDA, la denuncia ante la CIDH por la protección de derechos previsionales (caso Menéndez y Caride) y el amparo colectivo por derecho a la Salud (caso Viceconte o vacuna contra el mal de los rastrojos).
Esta sección reúne documentación sobre un campo amplio de derechos económicos, sociales y culturales, como el acceso a la información pública, el acceso a la salud, al agua, a la educación, derechos de comunidades indígenas, campesinos y migrantes, derechos de personas con discapacidad. Realiza seguimiento y estudios sobre diferentes políticas y programas sociales, sobre desigualdad y pobreza, entre otros temas. Durante los últimos años el área trabajó temas de hábitat, vivienda, realizó investigaciones sobre comunidades campesinas e indígenas y la ley de emergencia territorial, sobre el derecho a la vivienda digna, el derecho a la salud y las condiciones de alquiler en el ámbito urbano. Se realizaron trabajos sobre agricultura familiar y soberanía alimentaria, sobre políticas fiscales y el impuesto a las grandes fortunas.