El Fondo CELS incluye la documentación producida o reunida en el desarrollo de acciones en defensa de los derechos humanos, desde su fundación del CELS hasta la actualidad. Se encuentra organizado en 17 secciones. Las secciones reflejan la estructura orgánica y las series documentales reflejan las funciones que ha adquirido la organización. Se considera documentación histórica los documentos producidos o reunidos entre 1979 y 1994 y documentación corriente desde esa fecha hasta la actualidad. Esta distinción del fondo está asociada a los cambios organizacionales de la institución. La documentación producida se encuentra agrupada de acuerdo a las distintas áreas, funciones y programas.
Durante la dictadura el trabajo de la institución se centró en la posibilidad del litigio como herramienta distintiva del trabajo institucional, por lo que la documentación producida se relaciona a las causas judiciales llevadas adelante por la institución tanto a nivel nacional como internacional. Por otro lado, la construcción de un Archivo documental, conformado a partir de diferentes fuentes (periodísticas, legislativas, bibliográficas) fue fundamental para la identificación de responsables, víctimas y metodologías represivas. La documentación testimonial de familiares y víctimas dio lugar a la producción de informes, análisis, ensayos. Durante este período se produjo también documentación relativa a la asistencia a víctimas.
En democracia, el CELS incorporó la revisión de legajos de la dictadura para cargos públicos, el juzgamiento de las Fuerzas Armadas, la repatriación de exiliados, la publicación de estudios e informes con el fin de visibilizar los crímenes y sus efectos y la construcción de alianzas internacionales. Amplió su agenda a las violaciones de los derechos humanos ocurridas en el presente, a sus causas estructurales y su relación con la desigualdad social. La documentación desde los 80 incluye informes, estudios, registros sobre el Programa de Apoyo Jurídico Popular y el Programa de Violencia Policial. También se halla documentación sobre el estudio y promoción sobre el derecho internacional de los derechos humanos, los juicios por el Derecho a la Verdad, litigios por acceso a la información y a la libertad de expresión, acciones destinadas a fortalecer la democracia y la administración de justicia, la creación de la Clínica Jurídica, la promoción de la exigibilidad de los derechos económicos sociales y culturales en los tribunales, la promoción de reformas legislativas y policiales, entre otros temas. Hoy, las principales áreas de trabajo son: la memoria, la verdad y la justicia por los crímenes cometidos en el marco del terrorismo de Estado; la violencia institucional y las políticas de encarcelamiento como ámbitos de violación de los derechos humanos; la inclusión social y los derechos económicos, sociales y culturales, con énfasis en el acceso a la tierra y a un hábitat digno; las políticas públicas en materia de salud mental; las reformas del sistema de justicia, los derechos de las personas migrantes, los derechos sexuales y reproductivos, y la libertad de expresión.

El Fondo del Archivo Personal de Emilio F. Mignone, consta de
documentos producidos, conservados o recopilados por él en sus actividades públicas y profesionales, así como algunos de índole personal. El alcance temporal total del fondo se inicia aproximadamente en 1940 y se extiende hasta 2002, el mayor volumen de documentación corresponde al período 1973-1998.
Ello implica que es posible encontrar la documentación producida y recopilada en sus actividades vinculadas con la lucha por los derechos humanos en Argentina, así como de actividades profesionales en el área educativa y de gestión científica y tecnológica desarrolladas desde el reinicio de la vida democrática.
Otra parte del Fondo Personal fue donado a la Universidad de Luján (disponible en: http://www.biblioteca.unlu.edu.ar/?q=node/86). Esa parte del Fondo cuenta con documentación relacionada con la trayectoria del Dr. Emilio Fermín Mignone en el área educativa, la creación y puesta en funcionamiento de la Universidad Nacional de Luján.

La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esta serie reúne la correspondencia institucional producida, recibida o reunida por integrantes, equipos o áreas del CELS, en el marco de sus actividades, proyectos, alianzas y representación de víctimas. Se encuentra organizada en 20 cajas de cartón libre de ácido, y conserva el orden original dispuesto por la institución. Está organizada en agrupaciones temáticas y en su interior se conserva la documentación por orden cronológico. Incluye originales, copias o fotocopias producidas entre 1977 y 2000, en formato papel.
La documentación está parcialmente digitalizada y es de acceso público, excepto los intercambios entre abogades y representades.

Esta Sección agrupa la documentación producida por la oficina de la Dirección Ejecutiva en el marco de sus actividades y funciones. Incluye documentos producidos y reunidos por les directores y sus asistentes, como informes, memos, correspondencia, comunicados, folletos y agendas de reunión.

Historia institucional
La Dirección Ejecutiva se estableció en el proceso de reestructuración institucional realizado en 1994, con el fin de desempeñar funciones de representación institucional, articulación con la Comisión Directiva y supervisar el trabajo y funcionamiento de las áreas y programas. Se trata de la consolidación del rol que entre 1985 y 1994 se estableció como Coordinación ejecutiva y que ocuparon Julio Raffo (1985 - 1987), Octavio Carsen (1987 - 1991) y Augusto Conte (1991).
Desde 1994 han sido directores Martín Abregú (1995 - 2000), Víctor Abramovich (2001 - 2007), Gastón Chillier (2008 - 2019) y Paula Litvachky (2020 - hasta la actualidad).

Esta sección incluye los documentos producidos por el Área de Litigio del CELS desde su conformación hasta la actualidad. El Área de Litigio fue establecida a partir de la reestructuración institucional de 1994, como continuidad del Área Jurídica. Trabaja de forma transversal en las agendas de trabajo del CELS, en la coordinación de las estrategia jurídicas de las causas judiciales. Desde el año 2008 está coordinada por Diego Morales.
La sección se encuentra dividida en dos subsecciones vinculadas a las funciones del área. La subsección Causas judiciales agrupa la documentación producida en los procesos judiciales que litiga el CELS, tanto a nivel nacional como internacional. La segunda subsección agrupa los documentos producidos o reunidos en el marco de otras acciones de trabajo del Área de Litigio, como la Clínica Jurídica, investigaciones, sistematización de información, elaboración de publicaciones, propuestas de proyectos de ley, reunión de jurisprudencia, entre otras actividades.

Esta subserie reúne la documentación vinculada con las actividades académicas de Emilio F. Mignone, entre 1969 y 1998, concentrándose en las desarrolladas en los períodos 1973-1976 y 1983-1998. Junto con ella, se reúne documentación reunida por Angélica P. Sosa de Mignone tras el fallecimiento de su marido, en relación con actividades realizadas en la Universidad Nacional de Luján, institución con la que Mignone había tenido una larga vinculación. La documentación se halla clasificada de acuerdo con las instituciones en las que se produjo, y varía ampliamente de acuerdo con la relación establecida por Emilio Mignone con cada una de ellas. En algunos casos puede hallarse documentación institucional y vinculada a la gestión educativa, con actividades de investigación o con actividades docentes que se detallan a continuación:
• Universidad Nacional de Luján (UNLu)
Comprende la documentación producida y reunida por Emilio Mignone a partir de su vinculación con la Universidad, desde el ejercicio del cargo de Rector Normalizador durante el período 1973-1976 hasta la imposición de su nombre al salón de reuniones del Consejo Superior de esa casa de estudios a modo de homenaje institucional en 2001. Reúne documentación institucional correspondiente al período 1973-1973, artículos de prensa sobre la Emilio F. Mignone y la UNLu, documentos vinculados con eventos organizados por la UNLu, homenaje a Emilio F. Mignone, etc.
• Universidad de Buenos Aires – Centro de Estudios
Avanzados (CEA)
Reúne toda la documentación generada y conservada por Emilio Fermín Mignone relativa a sus actividades en el marco del Centro de Estudios Avanzados de la Universidad de Buenos Aires. Se trata de documentos producidos a instancias de la Universidad (certificados, proyectos), así como documentos generados por las actividades desarrolladas por Emilio F. Mignone en el CEA, tanto en el campo de la docencia como de la investigación, y documentación y folletería reunidas en ocasión de la gestión de un proyecto conjunto entre el CEA y la Universidad de Alberta (Canadá). Originalmente se encontraban junto con esta
documentación varias series de intercambios de
correspondencia vinculados con proyectos del Centro que fueron incorporados a la suberie de Correspondencia
(ver Hoja Testigo).
Asimismo, se reúne la documentación conservada relativa a la
actuación de Emilio F. Mignone como Jurado en un concurso
docente de la Facultad de Filosofía y Letras, Departamento de
Ciencias de la Educación, de 1988.
• Universidad Nacional de Quilmes (UNQui)
Reúne toda la documentación vinculada a su actividad como director del proyecto de investigación “La Iglesia de Quilmes durante la dictadura militar, 1976-1983. Derechos humanos y la cuestión de los desaparecidos”, desarrollado en al Universidad Nacional de Quilmes entre 1994 y 1998, así como de algunos eventos vinculados a esa actividad, como la organización y participación de distintos encuentros y el nombramiento del obispo Jorge Novak como Profesor Honorario de la UNQ.
• Universidad del Salvador
Reúne algunos trabajos de estudiantes de la carrera de Ciencia Política de la Universidad del Salvador en 1991. No ha podido certificarse la filiación con la actividad docente de Emilio Mignone, pero por tratarse (al menos en un caso) de originales mecanografiados, se presume que fue recibido por Mignone en calidad de docente o tutor.
Asimismo, se encuentran folletos que acreditan la participación de Emilio Mignone en actividades organizadas por el Instituto de Ciencias de dicha Universidad en la década de 1970.
• Universidad Católica Argentina (UCA)
Reúne trabajos producidos por alumnos de Emilio
Fermín Mignone en el marco de seminarios dictados en la
carrera de Sociología en el año 1969.

Esta sección reúne la documentación producida por el Área de Administración en sus actividades administrativas y contables, la organización legal institucional, los documentos de comunicación interna y externa vinculados a proyectos de financiamiento. Reúne documentación en papel organizada en cajas o biblioratos y documentación electrónica.

Historia institucional
La sección Área de Administración reúne documentación producida en las tareas de administración de la institución. Él área fue creada en 1985. En los años previos las actividades administrativas estaban a cargo de le tesorere y le secretarie del Comité Ejecutivo.
Entre 1985 y 1995 Carmen Aguiar de Lapacó ocupó el cargo de Tesorera y Secretaria Administrativa.

Esta serie reúne documentación reunida o producida por el ESM del CELS como proyectos, memorándums, listados, documentos académicos, informes, solicitudes, aplicaciones, recortes periodísticos en el marco de la gestión de las diferentes líneas de trabajo.

La serie se encuentra almacenada en cajas de cartón y tiene como fechas extremas entre 1991 y 2003.