El Fondo CELS incluye la documentación producida o reunida en el desarrollo de acciones en defensa de los derechos humanos, desde su fundación del CELS hasta la actualidad. Se encuentra organizado en 17 secciones. Las secciones reflejan la estructura orgánica y las series documentales reflejan las funciones que ha adquirido la organización. Se considera documentación histórica los documentos producidos o reunidos entre 1979 y 1994 y documentación corriente desde esa fecha hasta la actualidad. Esta distinción del fondo está asociada a los cambios organizacionales de la institución. La documentación producida se encuentra agrupada de acuerdo a las distintas áreas, funciones y programas.
Durante la dictadura el trabajo de la institución se centró en la posibilidad del litigio como herramienta distintiva del trabajo institucional, por lo que la documentación producida se relaciona a las causas judiciales llevadas adelante por la institución tanto a nivel nacional como internacional. Por otro lado, la construcción de un Archivo documental, conformado a partir de diferentes fuentes (periodísticas, legislativas, bibliográficas) fue fundamental para la identificación de responsables, víctimas y metodologías represivas. La documentación testimonial de familiares y víctimas dio lugar a la producción de informes, análisis, ensayos. Durante este período se produjo también documentación relativa a la asistencia a víctimas.
En democracia, el CELS incorporó la revisión de legajos de la dictadura para cargos públicos, el juzgamiento de las Fuerzas Armadas, la repatriación de exiliados, la publicación de estudios e informes con el fin de visibilizar los crímenes y sus efectos y la construcción de alianzas internacionales. Amplió su agenda a las violaciones de los derechos humanos ocurridas en el presente, a sus causas estructurales y su relación con la desigualdad social. La documentación desde los 80 incluye informes, estudios, registros sobre el Programa de Apoyo Jurídico Popular y el Programa de Violencia Policial. También se halla documentación sobre el estudio y promoción sobre el derecho internacional de los derechos humanos, los juicios por el Derecho a la Verdad, litigios por acceso a la información y a la libertad de expresión, acciones destinadas a fortalecer la democracia y la administración de justicia, la creación de la Clínica Jurídica, la promoción de la exigibilidad de los derechos económicos sociales y culturales en los tribunales, la promoción de reformas legislativas y policiales, entre otros temas. Hoy, las principales áreas de trabajo son: la memoria, la verdad y la justicia por los crímenes cometidos en el marco del terrorismo de Estado; la violencia institucional y las políticas de encarcelamiento como ámbitos de violación de los derechos humanos; la inclusión social y los derechos económicos, sociales y culturales, con énfasis en el acceso a la tierra y a un hábitat digno; las políticas públicas en materia de salud mental; las reformas del sistema de justicia, los derechos de las personas migrantes, los derechos sexuales y reproductivos, y la libertad de expresión.

Esta subserie reúne documentos fotográficos reunidos por el CEDOC en la tarea de identificación de responsables del terrorismo de Estado. Las fotografías están organizadas por los nombres de las personas a quienes hacen referencia o por la fuerza armada a la que pertenecen.

La sección Área Jurídica incluye las causas judiciales litigadas o reunidas por el Área Jurídica del CELS, entre 1979 y 1994. Se trata de documentación original y copias de causas y presentaciones judiciales realizadas por el equipo de abogades del CELS o en conjunto con otros equipos jurídicos o abogades particulares.
Se encuentran también copias de causas llevadas adelante por terceras personas que han sido utilizadas como jurisprudencia o como parte de acciones institucionales de otra índole (por ejemplo, para procesos de impugnación de cierta política pública).
Esta documentación se diferencia del expediente judicial, cuyo original está depositado en el Poder Judicial, por contener copias incompletas del total de los cuerpos y por incluir además otros tipos de documentos como notas de les abogades, comunicados de prensa, fotografías, memorándums y otros documentos reunidos por les abogades en el proceso de trabajo de un caso judicial. Durante la dictadura, las acciones judiciales se dirigieron a detener las graves violaciones a los derechos humanos como la desaparición forzada de personas, los homicidios, la apropiación de niños, la detención en cárceles. Desde la asunción del gobierno democrático en 1983, la actividad prioritaria del CELS siguió centrada en la búsqueda de verdad y justicia.
La serie Procesos judiciales dictadura incluye la documentación producida y reunida por el Área Jurídica durante este período. Incluye querellas por privación ilegítima de la libertad, presentaciones de hábeas corpus individuales y colectivos, causas por tenencia de personas menores de edad, consejos especiales de guerra, asociación ilícita, homicidios, entre otras.
La serie Procesos judiciales democracia, incluye 729 causas relativas a la actuación del Área Jurídica desde 1985, cuando comenzó a producir documentación referida a hechos ocurridos en democracia, principalmente violaciones de derechos humanos por parte de las instituciones y fuerzas de seguridad y penitenciarias.
La serie Programa de Apoyo jurídico popular, agrupa la documentación producida en el trabajo de asistencia legal realizada por el CELS en villas, en el marco del Programa de Apoyo Jurídico Popular, entre los años 1989 y 1993: usurpaciones, desalojos, ocupación de viviendas y terrenos y violencia policial, entre otros.
La serie Documentos de trabajo agrupa la documentación institucional, como información sobre proyectos y rendiciones, informes de trabajo, listados, etc.

Historia institucional
El Área Jurídica, establecida en los inicios del CELS, cambió su nombre a lo largo de su trayectoria institucional. En 1988 pasó de llamarse Departamento Jurídico a Programa Jurídico y en 1990 pasó a ser Área Jurídica. Fue dirigida desde 1985 hasta 1987 por Marcelo Parrilli y desde entonces fue coordinada por Alicia Oliveira hasta 1994. El área se enfocó en el patrocinio legal de causas judiciales, investigaciones, litigio de causas testigo, tareas de extensión y en 1990 desarrolló tareas de apoyo jurídico popular.
El litigio ha sido uno de los modos estructurantes del trabajo del CELS durante la dictadura y en democracia. Fue una de las formas de develar y exponer patrones de conducta, prácticas y estructuras del Estado, así como para la ampliación de derechos por la vía judicial.