Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta serie reúne la documentación del Proyecto de Microfilmación y procesamiento en base de datos de los archivos periodísticos, jurídico y documental desarrollado por el CEDOC entre 1990 y 1992. Este proyecto y su realización tuvieron como objetivo de sistematizar y realizar una copia de la información vital para los derechos humanos en un soporte de resguardo moderno.
La serie se compone de 49 unidades documentales compuestas.

Esta serie reúne documentos de proyectos de financiamiento entre el CELS y otras organizaciones para llevar a cabo trabajos específicos de la agenda de derechos humanos.
La serie se compone de 50 unidades documentales compuestas.

Esta serie reúne documentación sobre proyectos de investigación realizados por el CELS en torno a temas de violencia institucional. Entre ellas están: Proyecto de investigación para la publicación del informe “La inseguridad policial” (Human Rights Watch, CELS), Proyecto “Seguridad ciudadana y derechos humanos: percepción pública de la seguridad/inseguridad ciudadana en los barrios de la ciudad de Buenos Aires” (Centro para la Participación y el Control Ciudadano, CELS), Proyecto “La situación de niños, niñas y adolescentes privados de libertad en la provincia de Buenos Aires” (UNICEF, UBA, CELS), Proyecto “Indicadores sobre cumplimiento de la ley por parte de las instituciones de seguridad pública” (CELS 2000-04), Proyecto: "Memoria Colectiva de la represión de Estado", Proyecto “Seguimiento de los procesos de reforma judicial en América Latina”, Proyecto “Crime, public order and human rights” (International Council on Human Rights Policy, CELS y otros).

La serie se compone de 88 unidades documentales compuestas.