Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.

Esta serie reúne 6 cajas de bibliografía reunida por el ESMA entre 1981 a 1990. Aborda diversos temas como historización y reflexiones sobre los derechos humanos en relación a la salud mental, exilio, infancia, familia y género, tortura, represión. Incluye artículos científicos, ensayos, revistas, ponencias, cuestionarios, estudios, ensayos y monografías.

Esta serie reúne los documentos producidos por el Centro de documentación e investigación científica en Salud Mental y Derechos Humanos, entre 1977 y 1993. Incluye diversos tipos de documentación como estatutos, proyectos, circulares, informes.

La serie se encuentra en dos cajas de cartón como unidad de almacenaje.

Esta serie reúne correspondencia y memorándums producidos o recibidos por el Equipo de Salud Mental.
Las mismas se conservan almacenadas en cajas de cartón y responden a intercambios realizados entre 1981 y 1993.

Esta serie agrupa la documentación reunida sobre otras organizaciones de derechos humanos, sociales, políticas, sindicales. También incluye documentación de otras organizaciones de las que el CELS forma o formó parte. Refiere a las alianzas producidas por el CELS en el marco de sus actividades y a la construcción de redes de solidaridad internacional. Incluye informes, memorándums, correspondencia institucional, boletines, comunicados, producidos por el CELS o las organizaciones. Si bien las fechas identificadas se extienden entre 1979 y 2005, el mayor volumen de documentación se concentra en las décadas 80 y 90.
La documentación se encuentra en papel, organizada por nombre de la institución productora. Las carpetas originales fueron reemplazadas por folios y la documentación fue organizada en 54 cajas de cartón. Se ha elaborado un inventario somero para la consulta, en donde se describen 2191 documentos.

Esta serie reúne documentación reunida o producida por el ESM del CELS como proyectos, memorándums, listados, documentos académicos, informes, solicitudes, aplicaciones, recortes periodísticos en el marco de la gestión de las diferentes líneas de trabajo.

La serie se encuentra almacenada en cajas de cartón y tiene como fechas extremas entre 1991 y 2003.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta serie reúne la documentación del Proyecto de Microfilmación y procesamiento en base de datos de los archivos periodísticos, jurídico y documental desarrollado por el CEDOC entre 1990 y 1992. Este proyecto y su realización tuvieron como objetivo de sistematizar y realizar una copia de la información vital para los derechos humanos en un soporte de resguardo moderno.
La serie se compone de 49 unidades documentales compuestas.

Esta serie reúne documentos de proyectos de financiamiento entre el CELS y otras organizaciones para llevar a cabo trabajos específicos de la agenda de derechos humanos.
La serie se compone de 50 unidades documentales compuestas.

Esta serie reúne documentación sobre proyectos de investigación realizados por el CELS en torno a temas de violencia institucional. Entre ellas están: Proyecto de investigación para la publicación del informe “La inseguridad policial” (Human Rights Watch, CELS), Proyecto “Seguridad ciudadana y derechos humanos: percepción pública de la seguridad/inseguridad ciudadana en los barrios de la ciudad de Buenos Aires” (Centro para la Participación y el Control Ciudadano, CELS), Proyecto “La situación de niños, niñas y adolescentes privados de libertad en la provincia de Buenos Aires” (UNICEF, UBA, CELS), Proyecto “Indicadores sobre cumplimiento de la ley por parte de las instituciones de seguridad pública” (CELS 2000-04), Proyecto: "Memoria Colectiva de la represión de Estado", Proyecto “Seguimiento de los procesos de reforma judicial en América Latina”, Proyecto “Crime, public order and human rights” (International Council on Human Rights Policy, CELS y otros).

La serie se compone de 88 unidades documentales compuestas.