La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esta subserie reúne listados de responsables del terrorismo de Estado reunidos o producidos por el CEDOC entre 1976 a 1983. Contiene mayormente listados pero también incluye publicaciones, notas, borradores, cuadros, escritos, correspondencia, legajos de personal, fojas de servicio, información recopilada sobre miembros de las fuerzas armadas y policiales, funcionarios del poder judicial, políticos y religiosos que cumplieron funciones o tuvieron participación en violaciones a los derechos humanos durante la última dictadura militar. Incluye investigaciones propias, material periodístico, legislación secreta o material de inteligencia que proviene de procesos jurídicos, denuncias individuales y de organizaciones, así como documentos desclasificados por distintos organismos gubernamentales.
Se encuentra limitado al acceso a la consulta pública. La restricción a este conjunto responde a su potencial uso en causas judiciales.

Esta serie contiene información reunida y producida por el CEDOC, sobre estructuras de responsabilidad, organigramas y trabajos teóricos sobre las Fuerzas Armadas durante el terrorismo de Estado. Incluye diversos tipos de documentos como legislación represiva, mapas y planos, testimonios, documentación jurídica, listados, documentación periodística, correspondencia y listados. se encuentran digitalizada.
De acuerdo a la lógica institucional reseñada anteriormente y respetando el principio de orden original de la documentación se constituyen siete subseries diferenciadas temáticamente pero que están necesariamente articuladas.
En este conjunto se encuentran documentos jurídicos y/o testimoniales que requieren permisos específicos a evaluar en cada caso.

Esta serie reúne las publicaciones y borradores producidos por el CELS en la elaboración de publicaciones, estudios o documentos de trabajo publicados. El material en papel corresponde a ejemplares de respaldo que se conservan para su preservación. Todas las publicaciones se encuentran disponibles para su consulta en sala en la Biblioteca del CELS (https://www.cels.org.ar/web/bibliotecaarchivo/biblioteca/) o a través de la página web institucional en donde pueden hallarse las publicaciones históricas digitalizadas y aquellas que fueron elaboradas en formato electrónico (https://www.cels.org.ar/web/).

Esta subserie reúne la documentación originalmente clasificada por el productor del Fondo como correspondiente a determinados viajes. Por dicha razón, los documentos que pueden hallarse para cada viaje son heterogéneos, a saber: folletería de las instituciones visitadas y los eventos a los que asistió, tarjetas personales recolectadas durante el viaje, notas manuscritas correspondientes a reuniones, memos a distintas personas indicando las actividades del viaje, originales y borradores de intervenciones de Emilio Mignone en eventos, papers, cartas de agradecimiento por atenciones recibidas durante el viaje, etc.

Viajes reunidos:
• 1970 – Italia – Francia – España
• 1988 – EE.UU. – Italia (Recepción Premio Lawyers’ Comittee
on Human Rights – Estadía en Bellagio Study and Conference
Center, Rockefeller Foundation)
• 1989 – Irlanda – Participación en la Jean Donovan Memorial
Conference, organizada por el Departamento de Historia
Moderna del University College – Cork, como resultado de la
conferencia se publicó un volumen sobre el rol de la Iglesia
católica en la defensa de los derechos humanos en América
Latina, en el que participó Emilio Mignone con un artículo que
lleva el mismo título que la traducción de Iglesia y Dictadura al
inglés, “Witness to the truth”.
• 1990 - Francia – (Viaje a Londres, París y Bruselas) En la
segunda ciudad, participó del lanzamiento de la presentación
de la traducción al francés de Iglesia y Dictadura, titulada Les
“disparus” d’Argentine. Responsabilité d’une Église, Martyre
d’un peuple, trad. del P. Daniel Gilbert.
• 1990 – Bruselas – (Viaje a Londres, París y Bruselas)
• 1990 – Estados Unidos
• 1992 – Holanda, Bélgica y Holanda
• 1993 – Italia
• 1996 – EUA – Canadá
• 1998 – Neuquén (Consejo Interuniversitario Nacional) –
Alemania (Representación CONEAU) – Venezuela –
Iguazú – España

Esta subserie reúne la documentación originalmente clasificada por el productor del Fondo como correspondiente a determinados viajes. Por dicha razón, los documentos que pueden hallarse para cada viaje son heterogéneos, a saber: folletería de las instituciones visitadas y los eventos a los que asistió, tarjetas personales recolectadas durante el viaje, notas manuscritas correspondientes a reuniones, memos a distintas personas indicando las actividades del viaje, originales y borradores de intervenciones de Emilio Mignone en eventos, papers, cartas de agradecimiento por atenciones recibidas durante el viaje, etc.

Viajes reunidos:
• 1970 – Italia – Francia – España
• 1988 – EE.UU. – Italia (Recepción Premio Lawyers’ Comittee
on Human Rights – Estadía en Bellagio Study and Conference
Center, Rockefeller Foundation)
• 1989 – Irlanda – Participación en la Jean Donovan Memorial
Conference, organizada por el Departamento de Historia
Moderna del University College – Cork, como resultado de la
conferencia se publicó un volumen sobre el rol de la Iglesia
católica en la defensa de los derechos humanos en América
Latina, en el que participó Emilio Mignone con un artículo que
lleva el mismo título que la traducción de Iglesia y Dictadura al
inglés, “Witness to the truth”.
• 1990 - Francia – (Viaje a Londres, París y Bruselas) En la
segunda ciudad, participó del lanzamiento de la presentación
de la traducción al francés de Iglesia y Dictadura, titulada Les
“disparus” d’Argentine. Responsabilité d’une Église, Martyre
d’un peuple, trad. del P. Daniel Gilbert.
• 1990 – Bruselas – (Viaje a Londres, París y Bruselas)
• 1990 – Estados Unidos
• 1992 – Holanda, Bélgica y Holanda
• 1993 – Italia
• 1996 – EUA – Canadá
• 1998 – Neuquén (Consejo Interuniversitario Nacional) –
Alemania (Representación CONEAU) – Venezuela –
Iguazú – España