El Fondo del Archivo Personal de Emilio F. Mignone, consta de
documentos producidos, conservados o recopilados por él en sus actividades públicas y profesionales, así como algunos de índole personal. El alcance temporal total del fondo se inicia aproximadamente en 1940 y se extiende hasta 2002, el mayor volumen de documentación corresponde al período 1973-1998.
Ello implica que es posible encontrar la documentación producida y recopilada en sus actividades vinculadas con la lucha por los derechos humanos en Argentina, así como de actividades profesionales en el área educativa y de gestión científica y tecnológica desarrolladas desde el reinicio de la vida democrática.
Otra parte del Fondo Personal fue donado a la Universidad de Luján (disponible en: http://www.biblioteca.unlu.edu.ar/?q=node/86). Esa parte del Fondo cuenta con documentación relacionada con la trayectoria del Dr. Emilio Fermín Mignone en el área educativa, la creación y puesta en funcionamiento de la Universidad Nacional de Luján.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.

La sección Centro de Documentación agrupa la documentación producida y reunida por el CEDOC desde su creación en 1979 hasta su reestructuración en 2007 como Área de Investigación.
Está organizada en cuatro subsecciones, de acuerdo a la lógica institucional y el principio de procedencia de la documentación: la subsección Archivo Periodístico, conformada por más de 100.000 recortes de artículos de los principales diarios nacionales publicados entre 1975 y 1994. Esta colección fue realizada por integrantes del CEDOC y voluntaries que seleccionaron con criterios temáticos información publicada sobre derechos humanos. Además, incluye diarios completos y agrupaciones temáticas de prensa.
La subsección Archivo Testimonial reúne más de 500 testimonios de familiares y víctimas del terrorismo de Estado, tomados o reunidos por el CEDOC. También incluye la documentación producida en las investigaciones y sistematizaciones que se realizaron sobre estas fuentes fundamentales para la identificación de víctimas, responsables y metodologías represivas.
La subsección Archivo Documental agrupa diversos tipos documentales que permiten reconstruir el funcionamiento represivo.
Por último, la subsección Material de trabajo reúne la documentación producida por el CEDOC en sus actividades de organización documental, investigación y la elaboración de publicaciones. La mayor parte de la documentación se encuentra en español, aunque también hay documentos o copias de algunos documentos en inglés, francés, italiano, portugués y alemán.
La documentación producida por el CEDOC dio lugar a múltiples publicaciones, entre ellas: la colección Memoria y Juicio de los años 1981 y 1982; el libro 692 Responsables del terrorismo de estado, en 1986; Culpables para la sociedad impunes por la ley, realizado por diferentes organismos de derechos humanos y publicado en 1988 y la publicación Testimonio sobre el centro clandestino de detención de la Escuela de Mecánica de la Armada Argentina (ESMA), de Víctor Basterra, publicada en 1984.

Historia institucional
El Centro de Documentación se constituye desde la fundación del CELS con el objetivo de conformar un Archivo sobre las violaciones a los derechos humanos durante el terrorismo de Estado. Fue coordinado entre 1979 y 1991 por Alicia Martín. Durante 1991 Daniel Toribio y Diego Freixas ocuparon el rol de coordinadores. Entre 1995 y 2007 la coordinación estuvo a cargo de Cristina Caiati.
Durante las décadas de 1980 y 1990 el área tuvo diferentes nombres: Centro de documentación, Programa de documentación, Área de Documentación o Departamento de documentación. El nombre de CEDOC titula esta sección porque es la nominación vigente al momento de producción de la mayoría de los documentos que resguarda. En 2007 el área se reformuló y pasó a denominarse Área de Investigación, incorporando la gestión de la Biblioteca y tomando funciones de apoyo a la investigación de otros equipos.
Durante el terrorismo de Estado, el CEDOC realizó una intensa tarea de búsqueda, recolección y sistematización de información con el objetivo de respaldar acciones legales y de comprender la lógica de funcionamiento del sistema represivo, quiénes eran sus víctimas, sus responsables, cuáles eran las metodologías represivas.
A partir de 1983, la producción de documentación se orientó a elaborar pruebas para sustentar las acciones judiciales, como el Juicio a las Juntas y otras causas iniciadas en ese tiempo. El CEDOC profundizó la tarea de sistematización de los datos elaborados durante la dictadura. El resultado de este trabajo se ve reflejado en publicaciones como Terrorismo de Estado. 692 responsables (Buenos Aires, CELS, 1986), Culpables para la sociedad, impunes por la ley (Buenos Aires, CELS, 1988), Documentación contra la impunidad (Buenos Aires, CELS, 1990).
En 1984, en el marco de un congreso de FEDEFAM, el CEDOC se definió como un centro al servicio del pueblo cuyo objetivo principal fue informar con rapidez, eficiencia, precisión y confiabilidad. La tarea archivística incorporó, desde entonces, la tarea de dar lugar a voces no oficiales. Para ello, el CEDOC registraba información significativa y datos precisos que servían para grupos de acción y difusión de la causa popular. El archivo se construyó como herramienta dinámica de consulta para generar acciones.
Una idea rectora fue "convertir lo solitario en solidario". Esta idea surje de observar que muchos casos de violaciones a derechos humanos llegaban como hechos aislados pero al ponerlos en serie o en relación con la trama de información se obtenía claridad sobre el carácter estructural de lo sucedido. Durante la década del 80 y del 90 el CEDOC continuó la reunión de documentación sobre los crímenes cometidos durante el terrorismo de Estado y a su vez comenzó a trabajar con documentación sobre otros campos concernientes a los derechos humanos como la violencia policial en democracia, las violaciones ocurridas en instituciones penitenciarias, entre otros.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades de investigación, denuncia e incidencia sobre temas de género, salud sexual y diversidad. Las investigaciones y producción de material de esta sección son interdisciplinarias, se encuentra material que cruza perspectivas de género, de salud mental y tratamiento jurídico de casos específicos.
El feminismo interseccional es una perspectiva política y una definición de valores que el CELS incorporó de manera decidida en los últimos años. En 2018 Edurne Cárdenas comienzó el trabajo de coordinación de la agenda feminista que se consolidó con la estructuración del área en el año 2020 y la coordinación de Vanina Escales.
El objetivo de esta área es impulsar y elaborar colectivamente las perspectivas políticas que el CELS quiere proponer en el espacio público en el cruce entre feminismo y el trabajo en derechos humanos que lleva adelante la institución. Para eso, el área se ocupa de transversalizar el abordaje interseccional en los temas de agenda de los equipos mediante la formación específica, la colaboración en el desarrollo de la perspectiva feminista para temas específicos y la construcción de una agenda temática en el marco de la institución.
Para articular sus objetivos, el área se propuso como espacio desde el cual: construir posicionamientos institucionales desde el feminismo sobre cuestiones de derechos humanos, profundizar la transversalización del abordaje interseccional que el CELS realizó en los últimos años en su agenda de trabajo, garantizar el derecho al aborto en la Argentina, articular con el área DESC el problema de la tierra y la deuda, elaborar una perspectiva de la violencia de género desde su trama con la violencia institucional, profundizar la problemática de derechos de la población travesti, trans y no binaria, trabajar la elaboración de memorias generizadas, continuar y profundizar el trabajo internacional con alianzas como la CEDAW, la INCLO, la Red de litigantes LGTB de las Américas, DAWN.