El Fondo CELS incluye la documentación producida o reunida en el desarrollo de acciones en defensa de los derechos humanos, desde su fundación del CELS hasta la actualidad.
Se encuentra organizado en 17 secciones. Las secciones reflejan la estructura orgánica y las series documentales reflejan las funciones que ha adquirido la organización. Se considera documentación histórica los documentos producidos o reunidos entre 1979 y 1994 y documentación corriente desde esa fecha hasta la actualidad. Esta distinción del fondo está asociada a los cambios organizacionales de la institución. La documentación producida se encuentra agrupada de acuerdo a las distintas áreas, funciones y programas.
Durante la dictadura el trabajo de la institución se centró en la posibilidad del litigio como herramienta distintiva del trabajo institucional, por lo que la documentación producida se relaciona a las causas judiciales llevadas adelante por la institución tanto a nivel nacional como internacional. Por otro lado, la construcción de un Archivo documental, conformado a partir de diferentes fuentes (periodísticas, legislativas, bibliográficas) fue fundamental para la identificación de responsables, víctimas y metodologías represivas. La documentación testimonial de familiares y víctimas dio lugar a la producción de informes, análisis, ensayos. Durante este período se produjo también documentación relativa a la asistencia a víctimas. 
En democracia, el CELS incorporó la revisión de legados de la dictadura para cargos públicos, el juzgamiento de las Fuerzas Armadas, la repatriación de exiliados, la publicación de estudios e informes con el fin de visibilizar los crímenes y sus efectos y la construcción de alianzas internacionales. Amplió su agenda a las violaciones de los derechos humanos ocurridas en el presente, a sus causas estructurales y su relación con la desigualdad social. La documentación desde los 80 incluye informes, estudios, registros sobre el Programa de Apoyo Jurídico Popular y el Programa de Violencia policial. También se halla documentación sobre el estudio y promoción sobre el derecho internacional de los derechos humanos, los juicios por el Derecho a la Verdad, litigios por acceso a la información y a la libertad de expresión, acciones destinadas a fortalecer la democracia y la administración de justicia, la creación de la Clínica Jurídica, la promoción de la exigibilidad de los derechos económicos sociales y culturales en los tribunales, la promoción de reformas legislativas y policiales, entre otros temas. Hoy las principales áreas de trabajo son: la memoria, la verdad y la justicia por los crímenes cometidos en el marco del terrorismo de Estado; la violencia institucional y las políticas de encarcelamiento como ámbitos de violación de los derechos humanos; la inclusión social y los derechos económicos, sociales y culturales, con énfasis en el acceso a la tierra y a un hábitat digno; las políticas públicas en materia de salud mental; las reformas del sistema de justicia, los derechos de las personas migrantes, los derechos sexuales y reproductivos, y la libertad de expresión.

Esta serie reúne la documentación producida por les fundadores del Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS) en el marco de su trabajo en la institución. La documentación se encuentra organizada de acuerdo al orden asignado en el momento de producción, en agrupamientos por nombre. La serie está organizada en 6 subseries: Boris Pasik, Élida Galletti, Matilde Mellivobsky, Augusto Conte Mac Donnell, Emilio Fermín Mignone y Alfredo Galletti.

Esta subserie reúne documentación producida o reunida por Boris Pasik, fundador del CELS e integrante Boris Pasik de la Comisión Directiva hasta su fallecimiento en febrero de 1998.
En la actualidad el material está ordenado e inventariado, con tratamiento de preservación y digitalizado.
Hay material de prensa sobre el Partido Socialista, sobre el Partido Socialista Obrero Español, Partido Socialista Argentino y el Partido Socialista Popular sobre sus posicionamientos en la época. Hay documentos de la Comisión de abogados de ayuda a Chile (1973), el FIDH, el Movimiento de Juristas Católicos y Asociaciones Internacionales de Juristas Demócratas, en la que se encuentran documentos que dan cuenta de la situación de los presos en Chile. Se encuentran documentos de 1970 de la Asociación de Abogados de Buenos Aires sobre la Reforma Constitucional. Por último, hay correspondencia sobre el trabajo y participación partidaria de Boris Pasik en los primeros años de la década de 1970.

Boris se integró rápidamente a la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos luego de que su hijo Gustavo, que tuvo junto a Elena Dubrovsky, fuera secuestrado el 22 de mayo de 1976. Ocupó diversos cargos dentro de la Asociación de Abogados de Buenos Aires, entre ellos la Comisión de Derechos Humanos.
Nació en Entre Ríos, fue un abogado que costeó sus estudios universitarios como maestro de una escuela de Entre Ríos. En la década de 1970, en Capital Federal, representó al Partido Socialista Argentino en el Concejo Deliberante. Tras el golpe de Estado contra Salvador Allende fue miembro de la Comisión de Solidaridad con el Pueblo Chileno. Boris murió en febrero de 1998.
La subserie se compone de 54 unidades documentales compuestas.

Esta subserie reúne documentación producida o reunida por Emilio Mignone y documentación generada a partir de su fallecimiento. Sobre su fallecimiento en 1998, se encuentran homenajes escritos, condolencias y notas sobre su figura. Además, hay aquí reunidos artículos y publicaciones de Mignone, principalmente de la década de 1980, así como, correspondencia vinculada a su labor en derechos humanos. En ese conjunto se incluye documentación sobre la presentación de Emilio al premio ONU 1998.

Emilio Fermín Mignone es uno de los principales referentes y defensores de los derechos humanos de la Argentina. Nació en Luján, Provincia de Buenos Aires, en 1922 y murió el 21 de diciembre de 1998. Fue un actor central del movimiento de derechos humanos que surgió como resistencia a la última dictadura. Participó desde sus orígenes en la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos (APDH) y fue co-fundador del Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS), que presidió desde su creación el 14 de marzo de 1980 y hasta el último de sus días. A partir de 1985, el CELS conformó un Comité Ejecutivo, que Mignone integró. Durante aquellos años, Mignone protagonizó la denuncia por las violaciones a los derechos humanos en ámbitos internacionales y explicó el significado de la noción de Terrorismo de Estado.
En 1981, junto a Augusto Conte, redactó la llamada “doctrina del ‘paralelismo global’”, que resultó una pieza fundamental en la comprensión del funcionamiento del Terrorismo de Estado y un marco explicativo fundamental hasta nuestros días.
Desde el fin de la dictadura en 1983, Mignone participó de los juicios contra los responsables de los crímenes de lesa humanidad. Ese mismo año, retomó su actividad académica, participó en diversos proyectos de investigación en sus campos de actuación profesional, a los que sumó el conocimiento a partir de su experiencia reciente: la planificación educativa, la transferencia científica y tecnológica, a los que se agregaban las relaciones entre políticas de derechos humanos y educación y la revisión de las relaciones entre la Iglesia católica y la sociedad argentina.
En 1986 Mignone publicó Iglesia y Dictadura, libro en el que revisó el papel de ciertos círculos de la jerarquía eclesiástica en relación con la política represiva de la dictadura. El libro fue traducido al inglés, francés, italiano y portugués. En 1991 publicó Derechos Humanos y Sociedad, en el que plasmó la experiencia y proyección del movimiento que había contribuido a formar hasta entonces.
La sanción de las leyes de “Punto Final” y “Obediencia Debida” en 1986 y 1987, y los decretos de indulto en 1989 y 1991, implicaron cambios drásticos para el movimiento de derechos humanos en la Argentina y en las actividades de Mignone. Por una parte, dieron inicio a otra etapa de la lucha por justicia, ahora enfocada en contra de la impunidad (por la anulación de dichas leyes e indultos y la reapertura de los juicios). Por otra, se reforzó la labor sobre el ejercicio de derechos humanos en democracia.
A partir de 1989, Mignone tuvo una mayor participación en las políticas públicas de gestión educativa. Participó en los equipos técnicos de las reformas educativas emprendidas durante esos años, y fue nombrado como titular de la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU), cargo que desempeñó hasta su fallecimiento.
El 14 de mayo de 1976, su hija Mónica María Candelaria, psicopedagoga, docente de la Universidad de Luján y participante de proyectos de promoción social en villas de emergencia de la ciudad de Buenos Aires, fue secuestrada en su domicilio por las fuerzas de seguridad, en el marco del plan represivo implementado por la dictadura cívico-militar.
A partir de entonces, Mignone y Chela dedicaron sus vidas a buscar a su hija, que permanece desaparecida, y a la búsqueda de verdad, memoria y justicia por todos los crímenes ocurridos durante el terrorismo de Estado.

Esta serie resulta de la reunión de agrupaciones documentales creadas en el proceso de ordenamiento documental, con un criterio funcional, con el objetivo de reunir la documentación producida en acciones políticas y jurídicas realizadas por el CELS en sus primeros años de funcionamiento. Incluye diferentes tipos de documentos como testimonios, correspondencia, informes, escritos, memorándums, artículos de prensa, organizados en 14 cajas. Se encuentra parcialmente digitalizada.
Está organizada en 4 subseries que recogen la documentación de cada una de las siguientes acciones:
-Documentación producida o reunida para la visita de la Comisión Internacional de Derechos Humanos (CIDH) a la Argentina, en septiembre de 1979.
-Documentación reunida sobre la presentación de la ponencia "Caso argentino: la desapariciones forzadas como instrumento básico y generalizado de una política. El paralelismo global" elaborada por Emilio Mignone y Augusto Conte y presentada el 31 de enero de 1981, en el Coloquio de París “La política de desapariciones forzadas de personas”, organizado por franceses y argentinos y presidido por el Premio Nobel de la Paz Adolfo Pérez Esquivel.
-Documentación producida por la Comisión Técnica de Recopilación de Datos, conformada por el CELS y otros organismos de derechos humanos, en 1983.
-Documentación producida y reunida para la Comisión Nacional sobre la Desaparición de personas (CONADEP), entre 1984 y 1986.

Esta serie reúne los libros de Actas que registran las reuniones y asambleas de la institución.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa DESC creado a partir del proceso de reestructuración institucional de 1994, con el objetivo de promover el cumplimiento de los Derechos Económicos Sociales y Culturales y discutir su exigibilidad judicial en los tribunales locales. Fueron directores/as del Programa Víctor Abramovich, Juana Kweitel, Julieta Rossi, Pilar Arcidiácono, Eduardo Reese y en la actualidad es coordinado por Luna Miguens.
Parte de la documentación en papel fue inventariada someramente, mientras que la documentación electrónica aún no cuenta con tratamiento archivístico.
La documentación de esta sección incluye expedientes judiciales, documentación periodística y legislativa, informes, correspondencia, investigaciones, encuestas y publicaciones. Entre otros casos, se presentó la denuncia ante el Panel de Inspección del Banco Mundial para la protección de programas sociales alimentarios (caso Pro Huerta), los amparos colectivos para la provisión de medicamentos VIH/SIDA, la denuncia ante la CIDH por la protección de derechos previsionales (caso Menéndez y Caride) y el amparo colectivo por derecho a la Salud (caso Viceconte o vacuna contra el mal de los rastrojos).
Esta sección reúne documentación sobre un campo amplio de derechos económicos, sociales y culturales, como el acceso a la información pública, el acceso a la salud, al agua, a la educación, derechos de comunidades indígenas, campesinos y migrantes, derechos de personas con discapacidad. Realiza seguimiento y estudios sobre diferentes políticas y programas sociales, sobre desigualdad y pobreza, entre otros temas. Durante los últimos años el área trabajó temas de hábitat, vivienda, realizó investigaciones sobre comunidades campesinas e indígenas y la ley de emergencia territorial, sobre el derecho a la vivienda digna, el derecho a la salud y las condiciones de alquiler en el ámbito urbano. Se realizaron trabajos sobre agricultura familiar y soberanía alimentaria, sobre políticas fiscales y el impuesto a las grandes fortunas.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta sección reúne la documentación producida por el Área de Comunicación desde su constitución hasta la actualidad. Incluye documentación producida en la elaboración de publicaciones, comunicaciones oficiales del CELS, investigaciones audiovisuales, investigaciones sobre el acceso a la información, entre otros temas. Se halla documentación en papel hasta 2009.
El Área de Comunicación fue creada en 1998, con el objetivo de organizar la comunicación institucional, publicaciones, coordinar la relación con la prensa, desarrollar la página web y apoyar el trabajo de las áreas. Su primer director fue David Blaustein, luego María Capurro Robles, Laura Itchart, Verónica Torras y Ximena Tordini.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.