El Fondo CELS incluye la documentación producida o reunida en el desarrollo de acciones en defensa de los derechos humanos, desde su fundación del CELS hasta la actualidad. Se encuentra organizado en 17 secciones. Las secciones reflejan la estructura orgánica y las series documentales reflejan las funciones que ha adquirido la organización. Se considera documentación histórica los documentos producidos o reunidos entre 1979 y 1994 y documentación corriente desde esa fecha hasta la actualidad. Esta distinción del fondo está asociada a los cambios organizacionales de la institución. La documentación producida se encuentra agrupada de acuerdo a las distintas áreas, funciones y programas.
Durante la dictadura el trabajo de la institución se centró en la posibilidad del litigio como herramienta distintiva del trabajo institucional, por lo que la documentación producida se relaciona a las causas judiciales llevadas adelante por la institución tanto a nivel nacional como internacional. Por otro lado, la construcción de un Archivo documental, conformado a partir de diferentes fuentes (periodísticas, legislativas, bibliográficas) fue fundamental para la identificación de responsables, víctimas y metodologías represivas. La documentación testimonial de familiares y víctimas dio lugar a la producción de informes, análisis, ensayos. Durante este período se produjo también documentación relativa a la asistencia a víctimas.
En democracia, el CELS incorporó la revisión de legajos de la dictadura para cargos públicos, el juzgamiento de las Fuerzas Armadas, la repatriación de exiliados, la publicación de estudios e informes con el fin de visibilizar los crímenes y sus efectos y la construcción de alianzas internacionales. Amplió su agenda a las violaciones de los derechos humanos ocurridas en el presente, a sus causas estructurales y su relación con la desigualdad social. La documentación desde los 80 incluye informes, estudios, registros sobre el Programa de Apoyo Jurídico Popular y el Programa de Violencia Policial. También se halla documentación sobre el estudio y promoción sobre el derecho internacional de los derechos humanos, los juicios por el Derecho a la Verdad, litigios por acceso a la información y a la libertad de expresión, acciones destinadas a fortalecer la democracia y la administración de justicia, la creación de la Clínica Jurídica, la promoción de la exigibilidad de los derechos económicos sociales y culturales en los tribunales, la promoción de reformas legislativas y policiales, entre otros temas. Hoy, las principales áreas de trabajo son: la memoria, la verdad y la justicia por los crímenes cometidos en el marco del terrorismo de Estado; la violencia institucional y las políticas de encarcelamiento como ámbitos de violación de los derechos humanos; la inclusión social y los derechos económicos, sociales y culturales, con énfasis en el acceso a la tierra y a un hábitat digno; las políticas públicas en materia de salud mental; las reformas del sistema de justicia, los derechos de las personas migrantes, los derechos sexuales y reproductivos, y la libertad de expresión.

El Fondo del Archivo Personal de Emilio F. Mignone, consta de
documentos producidos, conservados o recopilados por él en sus actividades públicas y profesionales, así como algunos de índole personal. El alcance temporal total del fondo se inicia aproximadamente en 1940 y se extiende hasta 2002, el mayor volumen de documentación corresponde al período 1973-1998.
Ello implica que es posible encontrar la documentación producida y recopilada en sus actividades vinculadas con la lucha por los derechos humanos en Argentina, así como de actividades profesionales en el área educativa y de gestión científica y tecnológica desarrolladas desde el reinicio de la vida democrática.
Otra parte del Fondo Personal fue donado a la Universidad de Luján (disponible en: http://www.biblioteca.unlu.edu.ar/?q=node/86). Esa parte del Fondo cuenta con documentación relacionada con la trayectoria del Dr. Emilio Fermín Mignone en el área educativa, la creación y puesta en funcionamiento de la Universidad Nacional de Luján.

Esta sección reúne documentación producida por los y las integrantes de la CD en el marco de sus funciones. Incluye denuncias judiciales, informes y presentaciones, formularios, memorándums internos, correspondencia con familiares y autoridades nacionales e internacionales. Incluye la documentación relativa a las primeras acciones realizadas por la CD entre 1979 y 1984. Entre ellas se halla la preparación de la visita de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), en septiembre de 1979, la participación en el Coloquio de París en febrero de 1982 y la sistematización de la documentación realizada por la Comisión Técnica para la recopilación de datos en 1983.
La Comisión Directiva (CD) fue establecida desde la fundación del CELS como el órgano de conducción con el objetivo de dirigir y administrar a la asociación. En sus inicios estuvo conformada por las y los fundadores de la institución: Emilio Fermín Mignone, Angélica Paula Sosa de Mignone, Augusto Conte Mac Donell, Boris Pasik, Carmen Aguiar de Lapacó, Alfredo F. Galletti, José Federico Trinidad Westerkamp, Noemí Fiorito de Labrune.
La CD ha sido integrada por más de 40 años por familiares, activistas, destacados referentes de derechos humanos, sindicales, sociales y culturales, y académicos: Matilde Saidler de Mellibovsky, Santiago Mellibovsky, Graciela Colombo, Agustín Colombo, Ángela Westerkamp, Fanny Bendersky, Alicia Oliveira, Marcelo Parrilli, Luis Zamora, Alberto Binder, Susana Albanese, Enrique Oteiza, María Teresa Flores, Alejandro Incháurregui, Patricia Valdez, Alicia Logiudice, Alejandro Incháurregui, Cristian Courtis, Leonardo Franco, Lilia Ferreyra, Rodolfo Mattarollo, Luis Fondebrider, Darío Olmo, Gilou García Reynoso, Carlos Acuña, Eduardo Basualdo.
Para conocer la integración actual de la Comisión Directiva ver: https://www.cels.org.ar/web/organizacion/comision-directiva/