La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esta serie agrupa la documentación reunida sobre otras organizaciones de derechos humanos, sociales, políticas, sindicales. También incluye documentación de otras organizaciones de las que el CELS forma o formó parte. Refiere a las alianzas producidas por el CELS en el marco de sus actividades y a la construcción de redes de solidaridad internacional. Incluye informes, memorándums, correspondencia institucional, boletines, comunicados, producidos por el CELS o las organizaciones. Si bien las fechas identificadas se extienden entre 1979 y 2005, el mayor volumen de documentación se concentra en las décadas 80 y 90.
La documentación se encuentra en papel, organizada por nombre de la institución productora. Las carpetas originales fueron reemplazadas por folios y la documentación fue organizada en 54 cajas de cartón. Se ha elaborado un inventario somero para la consulta, en donde se describen 2191 documentos.

Esta Sección agrupa la documentación producida por la oficina de la Dirección Ejecutiva en el marco de sus actividades y funciones. Incluye documentos producidos y reunidos por les directores y sus asistentes, como informes, memos, correspondencia, comunicados, folletos y agendas de reunión.

Historia institucional
La Dirección Ejecutiva se estableció en el proceso de reestructuración institucional realizado en 1994, con el fin de desempeñar funciones de representación institucional, articulación con la Comisión Directiva y supervisar el trabajo y funcionamiento de las áreas y programas. Se trata de la consolidación del rol que entre 1985 y 1994 se estableció como Coordinación ejecutiva y que ocuparon Julio Raffo (1985 - 1987), Octavio Carsen (1987 - 1991) y Augusto Conte (1991).
Desde 1994 han sido directores Martín Abregú (1995 - 2000), Víctor Abramovich (2001 - 2007), Gastón Chillier (2008 - 2019) y Paula Litvachky (2020 - hasta la actualidad).

Esta sección incluye los documentos producidos por el Área de Litigio del CELS desde su conformación hasta la actualidad. El Área de Litigio fue establecida a partir de la reestructuración institucional de 1994, como continuidad del Área Jurídica. Trabaja de forma transversal en las agendas de trabajo del CELS, en la coordinación de las estrategia jurídicas de las causas judiciales. Desde el año 2008 está coordinada por Diego Morales.
La sección se encuentra dividida en dos subsecciones vinculadas a las funciones del área. La subsección Causas judiciales agrupa la documentación producida en los procesos judiciales que litiga el CELS, tanto a nivel nacional como internacional. La segunda subsección agrupa los documentos producidos o reunidos en el marco de otras acciones de trabajo del Área de Litigio, como la Clínica Jurídica, investigaciones, sistematización de información, elaboración de publicaciones, propuestas de proyectos de ley, reunión de jurisprudencia, entre otras actividades.