Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta sección reúne la documentación producida desde 1994 en la línea de trabajo internacional, en el marco del proyecto Alfa, luego Programa DIDH y luego Equipo de Trabajo Internacional (2010). Se incluye documentación referida a los litigios internacionales y documentos de denuncia e incidencia sobre temas de derecho internacional.
Desde sus orígenes el CELS consideró estratégica la articulación con organizaciones y organismos internacionales de derechos humanos para la denuncia de violaciones a los derechos humanos. Desde los años 90 el CELS ha litigado más de 30 casos y medidas de protección ante la Comisión y Corte Interamericana de Derechos Humanos que han resultado en el desarrollo de estándares en materia de libertad de expresión, detención, derecho a la verdad, territorio de pueblos indígenas, entre muchos otros. Varios de los casos litigados se convirtieron en casos testigo para el sistema interamericano de derechos humanos.
Durante la década de los 90 se impulsó el reconocimiento y la aplicación en el ámbito interno del derecho internacional de los derechos humanos. En consonancia con el abordaje de la aplicación y uso en el ámbito interno de los instrumentos y estándares internacionales, se inició una serie de presentaciones de informes “alternativos” ante las comisiones de la ONU en relación con temas de DESC que se creó como desprendimiento del trabajo del proyecto DIDH. El programa DIDH en sus orígenes estuvo integrado por Alicia Oliveira, Carolina Fernández Blanco, Gustavo Suriz, Pablo Martín Clemente, Víctor Abramovich, Paula Vaca, Christian Courtis, Georges Rogers y Michele Milner.
En 2010 se creó el Equipo de trabajo internacional con el objetivo de participar en redes, alianzas y espacios internacionales, construir una perspectiva estratégica y profundizar el trabajo del CELS a nivel internacional. Los ejes de trabajo son el uso de los mecanismos internacionales para denunciar situaciones en Argentina (informes sombra, contrainformes, litigios en el SIDH), el fortalecimiento de alianzas internacionales, la incidencia sobre agenda temática para lograr mejores estándares, desde una perspectiva del Sur/de América Latina, el fortalecimiento de los mecanismos internacionales.