La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esta sección reúne documentación producida por los y las integrantes de la CD en el marco de sus funciones. Incluye denuncias judiciales, informes y presentaciones, formularios, memorándums internos, correspondencia con familiares y autoridades nacionales e internacionales. Incluye la documentación relativa a las primeras acciones realizadas por la CD entre 1979 y 1984. Entre ellas se halla la preparación de la visita de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), en septiembre de 1979, la participación en el Coloquio de París en febrero de 1982 y la sistematización de la documentación realizada por la Comisión Técnica para la recopilación de datos en 1983.
La Comisión Directiva (CD) fue establecida desde la fundación del CELS como el órgano de conducción con el objetivo de dirigir y administrar a la asociación. En sus inicios estuvo conformada por las y los fundadores de la institución: Emilio Fermín Mignone, Angélica Paula Sosa de Mignone, Augusto Conte Mac Donell, Boris Pasik, Carmen Aguiar de Lapacó, Alfredo F. Galletti, José Federico Trinidad Westerkamp, Noemí Fiorito de Labrune.
La CD ha sido integrada por más de 40 años por familiares, activistas, destacados referentes de derechos humanos, sindicales, sociales y culturales, y académicos: Matilde Saidler de Mellibovsky, Santiago Mellibovsky, Graciela Colombo, Agustín Colombo, Ángela Westerkamp, Fanny Bendersky, Alicia Oliveira, Marcelo Parrilli, Luis Zamora, Alberto Binder, Susana Albanese, Enrique Oteiza, María Teresa Flores, Alejandro Incháurregui, Patricia Valdez, Alicia Logiudice, Alejandro Incháurregui, Cristian Courtis, Leonardo Franco, Lilia Ferreyra, Rodolfo Mattarollo, Luis Fondebrider, Darío Olmo, Gilou García Reynoso, Carlos Acuña, Eduardo Basualdo.
Para conocer la integración actual de la Comisión Directiva ver: https://www.cels.org.ar/web/organizacion/comision-directiva/