La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.

Esta sección incluye los documentos producidos por el Área de Litigio del CELS desde su conformación hasta la actualidad. El Área de Litigio fue establecida a partir de la reestructuración institucional de 1994, como continuidad del Área Jurídica. Trabaja de forma transversal en las agendas de trabajo del CELS, en la coordinación de las estrategia jurídicas de las causas judiciales. Desde el año 2008 está coordinada por Diego Morales.
La sección se encuentra dividida en dos subsecciones vinculadas a las funciones del área. La subsección Causas judiciales agrupa la documentación producida en los procesos judiciales que litiga el CELS, tanto a nivel nacional como internacional. La segunda subsección agrupa los documentos producidos o reunidos en el marco de otras acciones de trabajo del Área de Litigio, como la Clínica Jurídica, investigaciones, sistematización de información, elaboración de publicaciones, propuestas de proyectos de ley, reunión de jurisprudencia, entre otras actividades.

Esta serie reúne documentos de trabajo de las actividades de gestión del CEDOC. Se pueden encontrar apuntes, informes, procesos de trabajo de publicaciones sobre organización de la documentación, sistematización de información, publicidad del modo de construcción de datos a partir de documentación asociada.
La serie se compone de 178 unidades documentales compuestas.

Esta sección reúne la documentación producida desde 1994 en la línea de trabajo internacional, en el marco del proyecto Alfa, luego Programa DIDH y luego Equipo de Trabajo Internacional (2010). Se incluye documentación referida a los litigios internacionales y documentos de denuncia e incidencia sobre temas de derecho internacional.
Desde sus orígenes el CELS consideró estratégica la articulación con organizaciones y organismos internacionales de derechos humanos para la denuncia de violaciones a los derechos humanos. Desde los años 90 el CELS ha litigado más de 30 casos y medidas de protección ante la Comisión y Corte Interamericana de Derechos Humanos que han resultado en el desarrollo de estándares en materia de libertad de expresión, detención, derecho a la verdad, territorio de pueblos indígenas, entre muchos otros. Varios de los casos litigados se convirtieron en casos testigo para el sistema interamericano de derechos humanos.
Durante la década de los 90 se impulsó el reconocimiento y la aplicación en el ámbito interno del derecho internacional de los derechos humanos. En consonancia con el abordaje de la aplicación y uso en el ámbito interno de los instrumentos y estándares internacionales, se inició una serie de presentaciones de informes “alternativos” ante las comisiones de la ONU en relación con temas de DESC que se creó como desprendimiento del trabajo del proyecto DIDH. El programa DIDH en sus orígenes estuvo integrado por Alicia Oliveira, Carolina Fernández Blanco, Gustavo Suriz, Pablo Martín Clemente, Víctor Abramovich, Paula Vaca, Christian Courtis, Georges Rogers y Michele Milner.
En 2010 se creó el Equipo de trabajo internacional con el objetivo de participar en redes, alianzas y espacios internacionales, construir una perspectiva estratégica y profundizar el trabajo del CELS a nivel internacional. Los ejes de trabajo son el uso de los mecanismos internacionales para denunciar situaciones en Argentina (informes sombra, contrainformes, litigios en el SIDH), el fortalecimiento de alianzas internacionales, la incidencia sobre agenda temática para lograr mejores estándares, desde una perspectiva del Sur/de América Latina, el fortalecimiento de los mecanismos internacionales.

Esta serie agrupa la documentación reunida sobre otras organizaciones de derechos humanos, sociales, políticas, sindicales. También incluye documentación de otras organizaciones de las que el CELS forma o formó parte. Refiere a las alianzas producidas por el CELS en el marco de sus actividades y a la construcción de redes de solidaridad internacional. Incluye informes, memorándums, correspondencia institucional, boletines, comunicados, producidos por el CELS o las organizaciones. Si bien las fechas identificadas se extienden entre 1979 y 2005, el mayor volumen de documentación se concentra en las décadas 80 y 90.
La documentación se encuentra en papel, organizada por nombre de la institución productora. Las carpetas originales fueron reemplazadas por folios y la documentación fue organizada en 54 cajas de cartón. Se ha elaborado un inventario somero para la consulta, en donde se describen 2191 documentos.

Esta serie reúne las publicaciones y borradores producidos por el CELS en la elaboración de publicaciones, estudios o documentos de trabajo publicados. El material en papel corresponde a ejemplares de respaldo que se conservan para su preservación. Todas las publicaciones se encuentran disponibles para su consulta en sala en la Biblioteca del CELS (https://www.cels.org.ar/web/bibliotecaarchivo/biblioteca/) o a través de la página web institucional en donde pueden hallarse las publicaciones históricas digitalizadas y aquellas que fueron elaboradas en formato electrónico (https://www.cels.org.ar/web/).

Esta subserie reúne listados de responsables del terrorismo de Estado reunidos o producidos por el CEDOC entre 1976 a 1983. Contiene mayormente listados pero también incluye publicaciones, notas, borradores, cuadros, escritos, correspondencia, legajos de personal, fojas de servicio, información recopilada sobre miembros de las fuerzas armadas y policiales, funcionarios del poder judicial, políticos y religiosos que cumplieron funciones o tuvieron participación en violaciones a los derechos humanos durante la última dictadura militar. Incluye investigaciones propias, material periodístico, legislación secreta o material de inteligencia que proviene de procesos jurídicos, denuncias individuales y de organizaciones, así como documentos desclasificados por distintos organismos gubernamentales.
Se encuentra limitado al acceso a la consulta pública. La restricción a este conjunto responde a su potencial uso en causas judiciales.

Esta sección reúne la documentación producida por el Área de Comunicación desde su constitución hasta la actualidad. Incluye documentación producida en la elaboración de publicaciones, comunicaciones oficiales del CELS, investigaciones audiovisuales, investigaciones sobre el acceso a la información, entre otros temas. Se halla documentación en papel hasta 2009.
El Área de Comunicación fue creada en 1998, con el objetivo de organizar la comunicación institucional, publicaciones, coordinar la relación con la prensa, desarrollar la página web y apoyar el trabajo de las áreas. Su primer director fue David Blaustein, luego María Capurro Robles, Laura Itchart, Verónica Torras y Ximena Tordini.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades de investigación, denuncia e incidencia sobre temas de género, salud sexual y diversidad. Las investigaciones y producción de material de esta sección son interdisciplinarias, se encuentra material que cruza perspectivas de género, de salud mental y tratamiento jurídico de casos específicos.
El feminismo interseccional es una perspectiva política y una definición de valores que el CELS incorporó de manera decidida en los últimos años. En 2018 Edurne Cárdenas comienzó el trabajo de coordinación de la agenda feminista que se consolidó con la estructuración del área en el año 2020 y la coordinación de Vanina Escales.
El objetivo de esta área es impulsar y elaborar colectivamente las perspectivas políticas que el CELS quiere proponer en el espacio público en el cruce entre feminismo y el trabajo en derechos humanos que lleva adelante la institución. Para eso, el área se ocupa de transversalizar el abordaje interseccional en los temas de agenda de los equipos mediante la formación específica, la colaboración en el desarrollo de la perspectiva feminista para temas específicos y la construcción de una agenda temática en el marco de la institución.
Para articular sus objetivos, el área se propuso como espacio desde el cual: construir posicionamientos institucionales desde el feminismo sobre cuestiones de derechos humanos, profundizar la transversalización del abordaje interseccional que el CELS realizó en los últimos años en su agenda de trabajo, garantizar el derecho al aborto en la Argentina, articular con el área DESC el problema de la tierra y la deuda, elaborar una perspectiva de la violencia de género desde su trama con la violencia institucional, profundizar la problemática de derechos de la población travesti, trans y no binaria, trabajar la elaboración de memorias generizadas, continuar y profundizar el trabajo internacional con alianzas como la CEDAW, la INCLO, la Red de litigantes LGTB de las Américas, DAWN.