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El Fondo CELS incluye la documentación producida o reunida en el desarrollo de acciones en defensa de los derechos humanos, desde su fundación del CELS hasta la actualidad.
Se encuentra organizado en 17 secciones. Las secciones reflejan la estructura orgánica y las series documentales reflejan las funciones que ha adquirido la organización. Se considera documentación histórica los documentos producidos o reunidos entre 1979 y 1994 y documentación corriente desde esa fecha hasta la actualidad. Esta distinción del fondo está asociada a los cambios organizacionales de la institución. La documentación producida se encuentra agrupada de acuerdo a las distintas áreas, funciones y programas.
Durante la dictadura el trabajo de la institución se centró en la posibilidad del litigio como herramienta distintiva del trabajo institucional, por lo que la documentación producida se relaciona a las causas judiciales llevadas adelante por la institución tanto a nivel nacional como internacional. Por otro lado, la construcción de un Archivo documental, conformado a partir de diferentes fuentes (periodísticas, legislativas, bibliográficas) fue fundamental para la identificación de responsables, víctimas y metodologías represivas. La documentación testimonial de familiares y víctimas dio lugar a la producción de informes, análisis, ensayos. Durante este período se produjo también documentación relativa a la asistencia a víctimas. 
En democracia, el CELS incorporó la revisión de legados de la dictadura para cargos públicos, el juzgamiento de las Fuerzas Armadas, la repatriación de exiliados, la publicación de estudios e informes con el fin de visibilizar los crímenes y sus efectos y la construcción de alianzas internacionales. Amplió su agenda a las violaciones de los derechos humanos ocurridas en el presente, a sus causas estructurales y su relación con la desigualdad social. La documentación desde los 80 incluye informes, estudios, registros sobre el Programa de Apoyo Jurídico Popular y el Programa de Violencia policial. También se halla documentación sobre el estudio y promoción sobre el derecho internacional de los derechos humanos, los juicios por el Derecho a la Verdad, litigios por acceso a la información y a la libertad de expresión, acciones destinadas a fortalecer la democracia y la administración de justicia, la creación de la Clínica Jurídica, la promoción de la exigibilidad de los derechos económicos sociales y culturales en los tribunales, la promoción de reformas legislativas y policiales, entre otros temas. Hoy las principales áreas de trabajo son: la memoria, la verdad y la justicia por los crímenes cometidos en el marco del terrorismo de Estado; la violencia institucional y las políticas de encarcelamiento como ámbitos de violación de los derechos humanos; la inclusión social y los derechos económicos, sociales y culturales, con énfasis en el acceso a la tierra y a un hábitat digno; las políticas públicas en materia de salud mental; las reformas del sistema de justicia, los derechos de las personas migrantes, los derechos sexuales y reproductivos, y la libertad de expresión.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.

Esta sección reúne la documentación producida o reunida por el Área de Desarrollo Institucional desde su creación hasta la actualidad. El área fue creada a partir de la reestructuración institucional de 1994 con el objetivo de acompañar a la Dirección Ejecutiva en la búsqueda de fondos, el diseño y monitoreo de proyectos, y las relaciones institucionales con los donantes. Por otra parte, coordina voluntaries y pasantes, y los procesos de comunicación interna con socies y equipo de trabajo. Para más información sobre el programa de Desarrollo Institucional dirigirse al siguiente link: https://www.cels.org.ar/web/organizacion/financiamiento/

Esta sección reúne la documentación producida por CELS desde mediados de la década del 80 hasta la actualidad a partir de las investigaciones, estudios y litigios realizados en torno de las problemáticas de violencia institucional, en democracia. También refleja la construcción de alianzas con otras organizaciones sociales y el trabajo con familiares de víctimas de la represión policial. Incluye publicaciones, insumos de investigación y elaboración de estadísticas propias.
Se agrupa en 48 cajas de documentación en papel que se encuentra inventariada, lo que se complementa con la documentación electrónica que aún no ha sido tratada archivísticamente.
La serie "Base de datos" responde a los inicios del trabajo sostenido desde 1996 de recolección y sistematización de información de casos de violencia policial publicados en periódicos y la producción de datos estadísticos propios. https://violenciapolicial.org.ar/
Estas líneas de trabajo en el CELS tuvieron origen a mediados de los años 80 cuando la organización comenzó a trabajar sobre las violaciones a los derechos humanos cometidas en democracia. En 1986, abogados y abogadas del CELS comenzaron a atender denuncias sobre violencia ejercida por funcionarios policiales, se realizaron investigaciones para analizar y comprender la problemática. Un año después se constituyó un programa de trabajo específico para realizar una investigación interdisciplinaria sobre detenciones policiales. Entre otras acciones, el CELS generó una red con organizaciones villeras y centros de estudiantes para recibir denuncias, presentó una acción de hábeas corpus a favor de personas detenidas a consecuencia de una razzia realizada en el barrio General Belgrano —Villa Oculta— de la Capital Federal.
El CELS se sumó a la Campaña antirazzias organizada por la Comunidad Homosexual Argentina y sostuvo denuncias sobre la ilegalidad de estos procedimientos.
La estrategia de litigio estratégico implicó llevar causas en tribunales locales e internacionales como, entre muchos otros, el caso de Walter Bulacio por detención ilegal y abuso de la fuerza ante Sistema Interamericano de Derechos Humanos; el caso del policía Hugo Airali que permitió poner en discusión las leyes orgánicas de la Policía Federal; el amparo colectivo por el derecho a la participación política de los presos sin condena; el caso Tiscornia, por acceso a la información producida por la Policía Federal Argentina, el caso de Darío Riquelme y Mariano Witis que permitió problemátizar diversas dimensiones del uso ilegal de la fuerza por parte de la Policía Bonaerense. Más cerca en el tiempo, el CELS también ha acompañado y litigado casos en los que se investigan formas de desaparición en democracia, como los casos de Luciano Arruga y de Santiago Maldonado.
En 1995 comenzó a funcionar el “Programa Violencia Institucional, seguridad ciudadana y derechos humanos”, dirigido por Sofía Tiscornia e integrado por María Victoria Pita, María Angélica Villarruel, Gastón Chillier y Gustavo Palmieri, Mercedes Korim, Josefina Martínez y Vanina Lekerman. Desde entonces la agenda de trabajo se ha ampliado al análisis de políticas de seguridad, elaboración de propuestas de regulación y control del uso de la fuerza, análisis y denuncia de lógicas de violencia institucional en diferentes contextos de encierro.
Desde la represión del 19 y 20 de diciembre el CELS sostiene un trabajo de investigación, denuncia y litigio sobre la respuesta estatal a las protestas sociales, en dimensiones tales como la represión, la criminalización, la inteligencia ilegal a organizaciones sociales y políticas y el modo en que se procesan las demandas. Desde entonces, el CELS ha investigado y litigado numerosos casos en los que la respuesta estatal al ejercicio del derecho a la protesta ocasionó muertes, la mayoría de personas muy jóvenes y afectó la salud y la integridad física de cientos de manifestantes: el 19 y 20 de diciembre de 2001, la Masacre de Avellaneda en 2002, las represiones a las comunidades Qom en Formosa en 2010, el asesinato de Mariano Ferreyra en 2010, la represión en el Parque Indoamericano en 2010, la Masacre de La Cárcova en 2011 y la cacería policial del 8 de marzo de 2017 luego de la manifestación con la que cerró el Paro Internacional de Mujeres en Buenos Aires son algunos de ellos. La persecución penal de los referentes sociales también ha sido una preocupación central, como la criminalización de la dirigente Milagro Sala y de la agrupación a la que pertenece, la Organización Barrial Túpac Amaru, en la provincia de Jujuy.

Esta sección incluye los documentos producidos por el Área de Litigio del CELS desde su conformación hasta la actualidad. El Área de Litigio fue establecida a partir de la reestructuración institucional de 1994, como continuidad del Área Jurídica. Trabaja de forma transversal en las agendas de trabajo del CELS, en la coordinación de las estrategia jurídicas de las causas judiciales. Desde el año 2008 está coordinada por Diego Morales.
La sección se encuentra dividida en dos subsecciones vinculadas a las funciones del área. La subsección Causas judiciales agrupa la documentación producida en los procesos judiciales que litiga el CELS, tanto a nivel nacional como internacional. La segunda subsección agrupa los documentos producidos o reunidos en el marco de otras acciones de trabajo del Área de Litigio, como la Clínica Jurídica, investigaciones, sistematización de información, elaboración de publicaciones, propuestas de proyectos de ley, reunión de jurisprudencia, entre otras actividades.

Esta sección reúne la documentación producida desde 1994 en la línea de trabajo internacional, en el marco del proyecto Alfa, luego Programa DIDH y luego Equipo de Trabajo Internacional (2010). Se incluye documentación referida a los litigios internacionales y documentos de denuncia e incidencia sobre temas de derecho internacional.
Desde sus orígenes el CELS consideró estratégica la articulación con organizaciones y organismos internacionales de derechos humanos para la denuncia de violaciones a los derechos humanos. Desde los años 90 el CELS ha litigado más de 30 casos y medidas de protección ante la Comisión y Corte Interamericana de Derechos Humanos que han resultado en el desarrollo de estándares en materia de libertad de expresión, detención, derecho a la verdad, territorio de pueblos indígenas, entre muchos otros. Varios de los casos litigados se convirtieron en casos testigo para el sistema interamericano de derechos humanos.
Durante la década de los 90 se impulsó el reconocimiento y la aplicación en el ámbito interno del derecho internacional de los derechos humanos. En consonancia con el abordaje de la aplicación y uso en el ámbito interno de los instrumentos y estándares internacionales, se inició una serie de presentaciones de informes “alternativos” ante las comisiones de la ONU en relación con temas de DESC que se creó como desprendimiento del trabajo del proyecto DIDH. El programa DIDH en sus orígenes estuvo integrado por Alicia Oliveira, Carolina Fernández Blanco, Gustavo Suriz, Pablo Martín Clemente, Víctor Abramovich, Paula Vaca, Christian Courtis, Georges Rogers y Michele Milner.
En 2010 se creó el Equipo de trabajo internacional con el objetivo de participar en redes, alianzas y espacios internacionales, construir una perspectiva estratégica y profundizar el trabajo del CELS a nivel internacional. Los ejes de trabajo son el uso de los mecanismos internacionales para denunciar situaciones en Argentina (informes sombra, contrainformes, litigios en el SIDH), el fortalecimiento de alianzas internacionales, la incidencia sobre agenda temática para lograr mejores estándares, desde una perspectiva del Sur/de América Latina, el fortalecimiento de los mecanismos internacionales.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa DESC creado a partir del proceso de reestructuración institucional de 1994, con el objetivo de promover el cumplimiento de los Derechos Económicos Sociales y Culturales y discutir su exigibilidad judicial en los tribunales locales. Fueron directores/as del Programa Víctor Abramovich, Juana Kweitel, Julieta Rossi, Pilar Arcidiácono, Eduardo Reese y en la actualidad es coordinado por Luna Miguens.
Parte de la documentación en papel fue inventariada someramente, mientras que la documentación electrónica aún no cuenta con tratamiento archivístico.
La documentación de esta sección incluye expedientes judiciales, documentación periodística y legislativa, informes, correspondencia, investigaciones, encuestas y publicaciones. Entre otros casos, se presentó la denuncia ante el Panel de Inspección del Banco Mundial para la protección de programas sociales alimentarios (caso Pro Huerta), los amparos colectivos para la provisión de medicamentos VIH/SIDA, la denuncia ante la CIDH por la protección de derechos previsionales (caso Menéndez y Caride) y el amparo colectivo por derecho a la Salud (caso Viceconte o vacuna contra el mal de los rastrojos).
Esta sección reúne documentación sobre un campo amplio de derechos económicos, sociales y culturales, como el acceso a la información pública, el acceso a la salud, al agua, a la educación, derechos de comunidades indígenas, campesinos y migrantes, derechos de personas con discapacidad. Realiza seguimiento y estudios sobre diferentes políticas y programas sociales, sobre desigualdad y pobreza, entre otros temas. Durante los últimos años el área trabajó temas de hábitat, vivienda, realizó investigaciones sobre comunidades campesinas e indígenas y la ley de emergencia territorial, sobre el derecho a la vivienda digna, el derecho a la salud y las condiciones de alquiler en el ámbito urbano. Se realizaron trabajos sobre agricultura familiar y soberanía alimentaria, sobre políticas fiscales y el impuesto a las grandes fortunas.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades de investigación, denuncia e incidencia sobre temas de género, salud sexual y diversidad. Las investigaciones y producción de material de esta sección son interdisciplinarias, se encuentra material que cruza perspectivas de género, de salud mental y tratamiento jurídico de casos específicos.
El feminismo interseccional es una perspectiva política y una definición de valores que el CELS incorporó de manera decidida en los últimos años. En 2018 Edurne Cárdenas comienzó el trabajo de coordinación de la agenda feminista que se consolidó con la estructuración del área en el año 2020 y la coordinación de Vanina Escales.
El objetivo de esta área es impulsar y elaborar colectivamente las perspectivas políticas que el CELS quiere proponer en el espacio público en el cruce entre feminismo y el trabajo en derechos humanos que lleva adelante la institución. Para eso, el área se ocupa de transversalizar el abordaje interseccional en los temas de agenda de los equipos mediante la formación específica, la colaboración en el desarrollo de la perspectiva feminista para temas específicos y la construcción de una agenda temática en el marco de la institución.
Para articular sus objetivos, el área se propuso como espacio desde el cual: construir posicionamientos institucionales desde el feminismo sobre cuestiones de derechos humanos, profundizar la transversalización del abordaje interseccional que el CELS realizó en los últimos años en su agenda de trabajo, garantizar el derecho al aborto en la Argentina, articular con el área DESC el problema de la tierra y la deuda, elaborar una perspectiva de la violencia de género desde su trama con la violencia institucional, profundizar la problemática de derechos de la población travesti, trans y no binaria, trabajar la elaboración de memorias generizadas, continuar y profundizar el trabajo internacional con alianzas como la CEDAW, la INCLO, la Red de litigantes LGTB de las Américas, DAWN.

Esta sección reúne la documentación producida por el Programa Memoria y Lucha contra el terrorismo de Estado que se formalizó hacia fines de la década del 90, tras la reestructuración institucional de 1994.
La sección está organizada en dos subsecciones, vinculadas a las funciones del área o programa a lo largo del tiempo. La subsección "Causas" reúne la documentación judicial producida en el marco de los litigios llevados adelante por el CELS desde 1998, con el objetivo de impulsar la investigación judicial y la producción de verdad sobre los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en la Argentina. Incluye documentación referida a los juicios por la verdad; documentación sobre la asistencia a familiares y víctimas en la gestión de reparaciones; documentación referida a los procesos judiciales por delitos de lesa humanidad y la serie de Justicia Militar.
La subsección "Documentos de trabajo" incluye documentos producidos en el marco de las investigaciones, proyectos, políticas de memoria y derechos humanos, representación en sitios de memoria y sistematización de información sobre el proceso de justicia.

Esta sección reúne la documentación producida por el Área de Comunicación desde su constitución hasta la actualidad. Incluye documentación producida en la elaboración de publicaciones, comunicaciones oficiales del CELS, investigaciones audiovisuales, investigaciones sobre el acceso a la información, entre otros temas. Se halla documentación en papel hasta 2009.
El Área de Comunicación fue creada en 1998, con el objetivo de organizar la comunicación institucional, publicaciones, coordinar la relación con la prensa, desarrollar la página web y apoyar el trabajo de las áreas. Su primer director fue David Blaustein, luego María Capurro Robles, Laura Itchart, Verónica Torras y Ximena Tordini.