El Fondo del Archivo Personal de Emilio F. Mignone, consta de
documentos producidos, conservados o recopilados por él en sus actividades públicas y profesionales, así como algunos de índole personal. El alcance temporal total del fondo se inicia aproximadamente en 1940 y se extiende hasta 2002, el mayor volumen de documentación corresponde al período 1973-1998.
Ello implica que es posible encontrar la documentación producida y recopilada en sus actividades vinculadas con la lucha por los derechos humanos en Argentina, así como de actividades profesionales en el área educativa y de gestión científica y tecnológica desarrolladas desde el reinicio de la vida democrática.
Otra parte del Fondo Personal fue donado a la Universidad de Luján (disponible en: http://www.biblioteca.unlu.edu.ar/?q=node/86). Esa parte del Fondo cuenta con documentación relacionada con la trayectoria del Dr. Emilio Fermín Mignone en el área educativa, la creación y puesta en funcionamiento de la Universidad Nacional de Luján.

Esta serie reúne los informes de trabajo asociados a financiamiento o relacionados con cuestiones administrativas de la institución. La serie se compone de 73 unidades documentales compuestas.

Esta serie reúne correspondencia y memorándums producidos o recibidos por el Equipo de Salud Mental.
Las mismas se conservan almacenadas en cajas de cartón y responden a intercambios realizados entre 1981 y 1993.

Esta sección reúne la documentación producida por las actividades del Área de Investigación desde 2007 hasta la actualidad. El Área fue creada en 2007 en continuidad con el Centro de Documentación, con el objetivo de centralizar y coordinar las investigaciones del CELS, generar espacios de reflexión y crítica sobre el trabajo y la producción institucional en derechos humanos, participar en las agendas de investigación de las universidades y centros de investigación., promover la discusión y el trabajo transversal entre las investigaciones de las diferentes áreas y programas. El AI asumió la dirección del Archivo y la Biblioteca, fuentes imprescindibles para desarrollar las investigaciones y debates propuestos por todas las áreas y programas tanto como la de los usuarios externos.
Incluye documentación producida en tareas de asistencia a investigaciones de la institución, documentos de gestión del Archivo y la Biblioteca, documentación referida a la elaboración de publicaciones y documentación de gestión de proyectos del área. La documentación para los procesos institucionales de consulta para cargos públicos, como los ascensos militares, tienen continuidad con series organizadas en la sección CEDOC.
El AI fue dirigida por Sofía Tiscornia, Valeria Barbuto, Lorena Balardini y Marcela Perelman.
En la actualidad, junto a Memoria Abierta y Abuelas de Plaza de Mayo, se desarrolla un trabajo sobre el material desclasificado de Estados Unidos que presenta avances y resultados en el sitio web: https://desclasificados.org.ar. Este trabajo cuenta con voluntaries de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA –a través de las prácticas pre profesionales de estudiantes convocadas por el Centro Antonio Gramsci y la Carrera de Ciencias de la Comunicación– y el Instituto de Educación Superior en Lenguas Vivas "Juan Ramón Fernández", y algunes que forman parte de otras instituciones como la Escuela Normal Superior de Lenguas Vivas Sofía E. Broquen de Spangenberg, la Universidad Nacional de la Plata y la Universidad del Salvador. Elles se involucraron en la lectura y el análisis del material.

La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esta serie reúne distintos tipos de documentación producida en el marco de la agenda de trabajo sobre violencia policial e institucional, sobre diferentes temas.

La serie se compone de 151 unidades documentales compuestas.

La subserie Carpetas por nombre está ordenada alfabéticamente por apellido de responsable y cuenta con legajos, informes de trabajo, comunicados, correspondencia, documentación sobre escraches, artículos de prensa, cables, listados, declaraciones, denuncias, solicitadas, testimonios, búsqueda de antecedentes, formularios, hábeas corpus, fotografías, memorándums, testimonios y otros documentos jurídicos. Este conjunto documental responde a la tarea llevada adelante para individualizar a los responsables de los crímenes durante el terrorismo de Estado. Cada vez que se establecía la existencia de un centro clandestino de detención, se reconstruía su dependencia jerárquica y se procuraba establecer la cadena de mandos y la jurisdicción a la que pertenecía en cuanto a zonas de seguridad.

Esta Sección agrupa la documentación producida por la oficina de la Dirección Ejecutiva en el marco de sus actividades y funciones. Incluye documentos producidos y reunidos por les directores y sus asistentes, como informes, memos, correspondencia, comunicados, folletos y agendas de reunión.

Historia institucional
La Dirección Ejecutiva se estableció en el proceso de reestructuración institucional realizado en 1994, con el fin de desempeñar funciones de representación institucional, articulación con la Comisión Directiva y supervisar el trabajo y funcionamiento de las áreas y programas. Se trata de la consolidación del rol que entre 1985 y 1994 se estableció como Coordinación ejecutiva y que ocuparon Julio Raffo (1985 - 1987), Octavio Carsen (1987 - 1991) y Augusto Conte (1991).
Desde 1994 han sido directores Martín Abregú (1995 - 2000), Víctor Abramovich (2001 - 2007), Gastón Chillier (2008 - 2019) y Paula Litvachky (2020 - hasta la actualidad).

Esta serie reúne los documentos producidos por el Centro de documentación e investigación científica en Salud Mental y Derechos Humanos, entre 1977 y 1993. Incluye diversos tipos de documentación como estatutos, proyectos, circulares, informes.

La serie se encuentra en dos cajas de cartón como unidad de almacenaje.

Esta sección reúne documentación producida por los y las integrantes de la CD en el marco de sus funciones. Incluye denuncias judiciales, informes y presentaciones, formularios, memorándums internos, correspondencia con familiares y autoridades nacionales e internacionales. Incluye la documentación relativa a las primeras acciones realizadas por la CD entre 1979 y 1984. Entre ellas se halla la preparación de la visita de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), en septiembre de 1979, la participación en el Coloquio de París en febrero de 1982 y la sistematización de la documentación realizada por la Comisión Técnica para la recopilación de datos en 1983.
La Comisión Directiva (CD) fue establecida desde la fundación del CELS como el órgano de conducción con el objetivo de dirigir y administrar a la asociación. En sus inicios estuvo conformada por las y los fundadores de la institución: Emilio Fermín Mignone, Angélica Paula Sosa de Mignone, Augusto Conte Mac Donell, Boris Pasik, Carmen Aguiar de Lapacó, Alfredo F. Galletti, José Federico Trinidad Westerkamp, Noemí Fiorito de Labrune.
La CD ha sido integrada por más de 40 años por familiares, activistas, destacados referentes de derechos humanos, sindicales, sociales y culturales, y académicos: Matilde Saidler de Mellibovsky, Santiago Mellibovsky, Graciela Colombo, Agustín Colombo, Ángela Westerkamp, Fanny Bendersky, Alicia Oliveira, Marcelo Parrilli, Luis Zamora, Alberto Binder, Susana Albanese, Enrique Oteiza, María Teresa Flores, Alejandro Incháurregui, Patricia Valdez, Alicia Logiudice, Alejandro Incháurregui, Cristian Courtis, Leonardo Franco, Lilia Ferreyra, Rodolfo Mattarollo, Luis Fondebrider, Darío Olmo, Gilou García Reynoso, Carlos Acuña, Eduardo Basualdo.
Para conocer la integración actual de la Comisión Directiva ver: https://www.cels.org.ar/web/organizacion/comision-directiva/