La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esa sección reúne los documentos producidos y reunidos por el Equipo de Salud Mental desde su creación en los primeros años de la institución hasta la actualidad. Incluye bibliografía, informes, memorándums, artículos, correspondencia, proyectos de financiamiento y documentos de trabajo.
Hasta 2003 la documentación se encuentra en papel, organizada en cajas e inventariada. A partir de esa fecha, la documentación conservada es principalmente electrónica y aún no ha tenido tratamiento archivístico.

Historia institucional
La atención psicoterapéutica fue una de las formas de intervención del movimiento argentino de derechos humanos desde sus inicios, tanto en el país como en el exilio. La psicoterapia, en particular el psicoanálisis, fue uno de los primeros ámbitos donde empezaron a emerger los testimonios de las crueldades del terrorismo de Estado, tanto por parte de sobrevivientes de la detención clandestina y la tortura, como de familiares y de niñes apropiades.
En los primeros años del CELS, un grupo de psicólogas y psicoanalistas se agruparon como Equipo para la asistencia de quienes se acercaban a la institución. La capacidad de atención se fue incrementando con una mayor cantidad de profesionales y por la articulación con otras instituciones.
En 1984 se formalizó la creación del Equipo de Salud Mental, que en rigor había comenzado a funcionar varios años antes. Laura Jordán de Conte fue la primera coordinadora del equipo integrado por sus fundadoras Elena Lenhardtson, Matilde Ruderman y Ana Goldberg, junto a los psicólogos Rubén García, Javier Mignone y Oscar Rassori. Los efectos del exilio, los procesos de restitución de niñes apropiades, el trauma social y sus efectos en las víctimas fueron algunos de los principales temas y ejes de trabajo clínico y teórico.
El equipo promovió debates en los espacios académicos y profesionales en los que sus integrantes participaban. También participó de la introducción de una perspectiva de salud mental articulada con los derechos humanos en la universidad pública, tanto en la investigación como en la docencia. Articuló regionalmente su trabajo en el Centro de Documentación e Investigación Científica en Salud Mental y Derechos Humanos (CEDDI) y en otras redes y congresos regionales e internacionales.
Las diferentes etapas que atravesó el proceso de memoria, verdad y justicia marcaron el trabajo en la clínica. Su pulso se imprimió en las posibilidades de elaborar la crueldad padecida y sus formas particulares. Esto consta en los registros del equipo sobre los primeros años de la democracia, marcados por el retorno del exilio, el trabajo de la CONADEP y el Juicio a las Juntas; el impacto de las leyes de impunidad y los indultos; los levantamientos militares de 1987, 1988 y 1990; las políticas de reparación económica y el contexto marcado por el testimonio del exmilitar Adolfo Scilingo y los Juicios por la Verdad.
De la misma forma, la participación del equipo en casos del CELS ligados a violaciones de derechos humanos ocurridas en democracia –sobre hechos de violencia institucional– implicó una ampliación temática y de las formas de trabajo. Para este tiempo, la organización había comenzado a abordar algunos casos con una estrategia interdisciplinaria: acciones de comunicación, investigación, propuestas de políticas públicas y acompañamiento del equipo de salud mental. Eso se tradujo, para el equipo, en un trabajo con víctimas de hechos por los que el CELS estaba litigando, estrechamente ligado a la estrategia judicial.
Esta modalidad de articulación interdisciplinaria, que desde la perspectiva de la salud mental se denomina como “abordaje psico-jurídico”, fue enriquecedora para la estrategia integral de los casos y para la experiencia de contacto de los familiares con el Poder Judicial. Con el tiempo, el equipo de salud mental sistematizó esta práctica profesional que se extendió cada vez a más causas en las que litiga el CELS.
El recorrido de 40 años del equipo de salud mental en una organización de derechos humanos da cuenta de la riqueza del trabajo interdisciplinario, de la atención a los aspectos subjetivos de las personas a las que el CELS representa en instancias legales y de la adaptación a las demandas de cada época. Desde su origen, el equipo se sostiene con coordenadas éticas, conceptuales y técnicas que lo dotan de una identidad particular.
Las coordinadoras del ESM han sido Laura Jordán de Conte (1984-2000), Graciela Guilis (2000-2006), Roxana Amendolaro (2006-2010), Macarena Sabin Paz (2010-hasta la actualidad).