La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esta subserie reúne listados de responsables del terrorismo de Estado reunidos o producidos por el CEDOC entre 1976 a 1983. Contiene mayormente listados pero también incluye publicaciones, notas, borradores, cuadros, escritos, correspondencia, legajos de personal, fojas de servicio, información recopilada sobre miembros de las fuerzas armadas y policiales, funcionarios del poder judicial, políticos y religiosos que cumplieron funciones o tuvieron participación en violaciones a los derechos humanos durante la última dictadura militar. Incluye investigaciones propias, material periodístico, legislación secreta o material de inteligencia que proviene de procesos jurídicos, denuncias individuales y de organizaciones, así como documentos desclasificados por distintos organismos gubernamentales.
Se encuentra limitado al acceso a la consulta pública. La restricción a este conjunto responde a su potencial uso en causas judiciales.