La sección Gestión Institucional está integrada por cinco agrupaciones documentales que refieren a actividades transversales de la organización, cuya producción no fue realizada por un un área o programa particular, sino que fue elaborada en conjunto por varias de ellas.
La serie Publicaciones agrupa los textos preparatorios y las publicaciones (libros, artículos, cuadernillos, etc) del CELS.
La serie Comunicados reúne presentaciones y comunicados institucionales producidos por la organización para dar a conocer públicamente sus posiciones y acciones.
La serie Memorándums Internos incluye los memorándums y la correspondencia interna elaborados por les integrantes del CELS en el marco de la realización de sus tareas.
La serie Documentos de otras organizaciones agrupa documentación producida por otras organizaciones y reunida por el CELS en conjuntos documentales que se encuentran organizados por nombre de la organización de origen (incluye organizaciones de tipo sindical, derechos humanos, políticas, feministas, de solidaridad, educativas, ecuménicas, religiosas, científicas, periodísticas, entre otras).
La serie Correspondencia contiene notas, cartas e intercambios de todo el CELS con referentes, familiares, víctimas, representantes de organizaciones nacionales e internacionales, no gubernamentales y gubernamentales.

Historia institucional
Hasta la década del 90, la documentación de esta sección fue producida y centralizada por la responsable de prensa y responsable del Área de documentación. Es el caso de la producción de comunicados, publicaciones, la conservación de la correspondencia y memos institucionales. Las series de esta sección presentan una organización homogénea a lo largo de esos años.
A partir de la mitad de la década del 90, la producción híbrida en formatos electrónico y de papel y, luego, la incorporación del correo electrónico y redes sociales, transformaron las formas de producir, ordenar y conservar la documentación. La documentación en soporte electrónico aún no ha sido abordada desde una perspectiva archivística.

Esta serie agrupa la documentación reunida sobre otras organizaciones de derechos humanos, sociales, políticas, sindicales. También incluye documentación de otras organizaciones de las que el CELS forma o formó parte. Refiere a las alianzas producidas por el CELS en el marco de sus actividades y a la construcción de redes de solidaridad internacional. Incluye informes, memorándums, correspondencia institucional, boletines, comunicados, producidos por el CELS o las organizaciones. Si bien las fechas identificadas se extienden entre 1979 y 2005, el mayor volumen de documentación se concentra en las décadas 80 y 90.
La documentación se encuentra en papel, organizada por nombre de la institución productora. Las carpetas originales fueron reemplazadas por folios y la documentación fue organizada en 54 cajas de cartón. Se ha elaborado un inventario somero para la consulta, en donde se describen 2191 documentos.

La subserie Carpetas por nombre está ordenada alfabéticamente por apellido de responsable y cuenta con legajos, informes de trabajo, comunicados, correspondencia, documentación sobre escraches, artículos de prensa, cables, listados, declaraciones, denuncias, solicitadas, testimonios, búsqueda de antecedentes, formularios, hábeas corpus, fotografías, memorándums, testimonios y otros documentos jurídicos. Este conjunto documental responde a la tarea llevada adelante para individualizar a los responsables de los crímenes durante el terrorismo de Estado. Cada vez que se establecía la existencia de un centro clandestino de detención, se reconstruía su dependencia jerárquica y se procuraba establecer la cadena de mandos y la jurisdicción a la que pertenecía en cuanto a zonas de seguridad.